虽然根瘤菌能为作物提供氮营养，但豆科作物生长的早期，根瘤菌发挥作用之前，还应根据土壤肥力适量为作物补充氮肥。当豆科植物转入生殖阶段后，大量的同化物质向籽实积累，此时根瘤衰败，固氮作用减弱。此外，磷有利于根瘤的发育和提高根瘤的固氮能力，所以要重视施用磷肥。
适量的钾、钙营养有利于微生物的大量繁殖。低pH条件下加入Ca2+可使苜蓿结瘤提前，结瘤率提高。因此，施用基肥时注意施用一定的量的钾肥和钙粉，补充钾钙营养，调节土壤pH环境。
钼是根瘤菌合成固氮酶不可少的元素，钼肥能加强根瘤菌的活性，促进根瘤的形成与生长，因此，推荐禾丰钼与根瘤菌混合拌种，浓度在0.1%~0.05%即可满足作物对钼营养的需求。需要注意的是，任何钼肥与根瘤菌混合拌种的浓度均不要超过0.3%，否则会对某些根瘤菌有抑制作用。
硼也是豆科作物需求量较大的养分。可采用基施富泰威颗粒硼500~1000克/亩，或者在花前、结荚期叶喷禾丰硼1000倍溶液的方式补充硼营养。
铁营养会影响根瘤数、根瘤重以及固氮活性。铁在土壤中容易被固定，喷施硫酸亚铁又容易在空气中被氧化，因此可以在喷施时加入高效助剂如展透，铁吸收效率能有效提高。
