辣椒种子在果实的胎座上，呈扁平形，多数为浅黄色，一般能存放3年，过后发芽率会降低。但如果种子充分干燥之后，在密闭干燥器内放在变色硅胶下，常温可保持寿命10-20年。辣椒种子可以通过鸟类传播或者是人为播种，因为鸟类对辣味并不敏感，会将辣椒吃下，种子便通过粪便而散播。
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