在草菇生产过程中，常可见到成片的小草菇萎蔫死亡。究其原因，主要有以下几种：
通风不良
草菇属高温好氧性真菌，菇农为了提高棚内温度，往往延长覆盖时间，致使棚内二氧化碳积累过多致使小草菇缺氧而死。但通风量太大，水分容易散失，也不利于草菇的生长。应在播种后的4天内，每天上午10时左右通风半小时，随着菌丝量的增多及“针头菇”的大量出现，通风时间要逐渐延长到每天2小时。
气温骤变
草菇属恒温结实型食用菌。菌丝生长的适宜温度为30摄氏度~39摄氏度，低于15摄氏度或高于42摄氏度停止生长。子实体生长温度范围为28摄氏度~33摄氏度，20摄氏度以下的低温或45摄氏度以上的高温都会使小菇蕾萎蔫死亡。
湿度不宜
水分是影响草菇生长的重要因素。水分不足，菌丝体生长缓慢，子实体干枯死亡；水分过多，则会使菇床通风不良，造成大量烂菇、死菇。因此要掌握适宜的湿度，一般培养料的最适含水量为70％，菌丝体生长期空气相对湿度为80％，子实体生长阶段空气相对湿度保持在90％较为适宜。
水温不适
草菇生长不仅需要大量的水，且对水温有严格的要求，如喷洒低于23摄氏度的水或40摄氏度以上的水，第2天幼菇就会全部萎蔫。因此喷水要在早晚进行，水温以30摄氏度左右为好。
环境偏酸
草菇喜偏碱性的生长环境，当培养料偏酸时，就难以长成菇且易受到杂菌的侵染。故配料时加入的石灰量要达到5％，每采完一潮菇后要喷1％的石灰水或4％的草木灰水，提高pH值。
采摘粗心
采摘时，不要碰摸正在生长的幼菇，如草菇密集丛生，要等到大部分草菇符合标准时一起采摘。正确的采摘方法是：一手按住草菇的生长部位，另一只手将成熟草菇扭转提起，减少对幼小草菇的损伤。
病虫蔓延
栽培管理不当，会导致病虫害大量发生。培养料含氮量过高时，“鬼伞”大量出现，和草菇争夺培养料中的养分，造成草菇死亡，所以配料时要控制含氮量。用玉米芯、麦秸、稻草作主料时，应添加5％麸皮或4％发酵腐熟的畜禽粪。螨虫发生后培养料内的菌丝很快被吃光，床面幼菇大量死亡，在拌料时喷洒800倍液的敌敌畏或敌百虫，防治效果较好。当料面上出现霉菌时，在污染区撒一层生石灰粉，同时加强通风降湿，抑制杂菌蔓延，保证草菇生长。
