微量元素肥料的施用方法很多，有土壤施肥、种子处理和根外追肥等。
土壤施肥即做基肥、种肥或追肥时把微量元素肥料施入土壤。这种施法虽然肥料的利用率较低，但有一定的后效。含微量元素的工业废弃物和缓效性微肥常采用这种施肥方法。
种子处理包括浸种和拌种两种方法。浸种时将种子浸入微量元素溶液中，种子吸收溶液而膨胀，肥料随水进入。常用的浓度是0.01%-0.1%，时间是12-24小时。拌种是用少量水将微量元素肥料溶解，将溶液喷洒于种子上，搅拌均匀，使种子外面沾上溶液后阴干播种，一般每千克种子用2-6克肥料。
根外追肥即将微量元素肥料溶液用喷雾器喷施到植株上，通过叶面或气孔吸收而运转到植株体内。常用的溶液浓度是0.01%-0.1%。
蘸秧根这是水稻的特殊施肥法，其它需要移栽的农作物也可以采用蘸秧根的方法施肥。
