平菇菌袋发菌和出菇过程中会出现杂菌侵染，特别是绿霉菌和链孢霉，会造成平菇栽培失败。产生的主要原因有：
1、培养料受潮污染。新鲜、干燥、贮存管理好的培养料，含病菌、杂菌数基数相对较少，适应于生料栽培；但贮存期限较长、受潮结块的培养料，含菌数量会比较多，若灭菌不彻底或未经灭菌处理直接用于生料栽培，则极易造成杂菌污染。
2、栽培种带杂菌。平菇菌种应发满菌立即使用，否则会因菌龄过长形成很厚的老化菌皮或遇到低温导致种袋大量出菇，若使用了这些老化菌种，菌丝萌发慢，菌丝抗污染能力低，杂菌污染率肯定会高于低龄菌种。
3、菌种质量差。质量差的菌种萌发后菌丝稀疏，色泽发灰，菌丝长好后培养料不易结块，这种菌种分解能力差，抗杂能力很弱，因此接种后也很容易遭受杂菌污染。
4、发菌管理不当。平菇菌丝适宜发菌温度在20～32℃之间，温度高于35℃则菌丝停止生长，此时应注意及时倒垛，严防烧堆，温度高于40℃，菌丝会很快死亡，鬼伞等杂菌就会大量发生。但发菌温度并不是越低越好，一定要适度，若温度低于15℃，平菇菌丝会生长得很慢，绿霉菌等杂菌则发生机会高，所以应尽量调整菌袋的发菌温度在适宜范围之内。
5、霉菌广泛分布于各种植物残体、土壤和空气环境中。绿色木霉菌靠孢子传播，常以气流、水滴、昆虫、工具及操作人员的手、衣服等为媒介，侵入培养基内。当生产环境不清洁、培养料灭菌不彻底、接种操作不严格，且处于高温高湿条件时，会给绿色木霉和链孢霉菌侵染造成良机，尤其是多年的菇场和菇棚，常是杂菌猖獗危害的场所。
