肥料是饵料鱼的间接饲料。在饵料鱼养殖过程中，采用施肥的方法培育天然饵料，供给所养殖的饵料鱼苗摄食，既可降低生产成本，又可提高池塘单位产量。
一、肥料种类
池塘施肥所用的肥料种类很多，概括起来可分为绿肥、人与畜禽粪肥和无机化肥三大类。
⒈绿肥：含有不同营养成分，包括有机氮、维生素和无机盐等，在水中腐烂分解，为微生物的孳生创造了良好的环境，可促进浮游生物大量繁殖，是很好的淡水养殖肥料。绿肥由于本身不含有毒有害物质，又无污染，对水产品危害少。
⒉人与畜禽粪肥：主要含氮、磷、钾等，肥效很高，但来源复杂，并含有致病菌、寄生虫等有害生物等，易对水环境、水产品安全构成危害。施用时须经过发酵腐熟，或加1％～2％生石灰消毒杀灭各种致病菌和寄生虫卵。此外，畜禽的粪便中含有圈舍消毒药物，须降解后才能施用。
⒊无机化肥：又叫速效肥料，包括氮、磷、钾、钙肥。施用的无机化肥，应选购符合国家标准的化肥产品，其质量要有保证。
二、施肥方法与用量
无公害淡水养殖施肥是根据池塘水的“肥瘦”（由浮游生物量决定）来决定施肥的数量和方法。不同的肥料，其施用的方法与施用量亦不相同。
⒈绿肥施用法：施肥时根据需要将一定数量的各种野生（无毒）植物，或人工种植的植物（如苕子、紫云英、蚕豆茎叶、瓜蔓等）堆入池塘中的一边或相对的两边，隔1～2天翻动肥堆1次，将腐烂的部分撒入水中，最后将不易腐烂的草渣捞出池外另行处理。用绿肥作基肥，每公顷施2250～3750千克。施多少基肥最适宜，必须依照池塘的土质、水质、肥料的性质及养殖种类与大小等决定。
⒉粪肥施用法：施肥时先将发酵腐熟的粪肥用2倍清水稀释，然后绕池边徐徐泼洒，用粪肥和混合堆肥作基肥时，每公顷施3750～7500千克。追肥量根据水质“肥瘦”增减。
⒊无机化肥施用法：无机化肥种类不同，其所含的营养物质（氮、磷、钾）也不相同，施用方法亦有所不同，一般作追肥施用较多。施用时，应合理配比，科学使用。施用化肥时的水温以20～30℃为好，这个温度范围最适合浮游植物的繁殖。每次施用时，应选择有阳光的天气，自上午9时至下午2时施完。因为这个时间内浮游植物光合作用比较强，化肥可以比较快地被吸收利用。化肥不得与碱性肥料和鱼药（如生石灰等）同时使用。但与有机肥结合使用，比单一施用化肥的肥效更高。每次施肥量依肥料浓度与肥料所含有效成分计算确定。通常每次施肥量为：每公顷施尿素60～75千克，或碳铵90～150千克，或氯化铵90～120千克，或过磷酸钙90～150千克。具体施肥量与施肥周期视施肥后水质、天气状况灵活掌握。
肥料种类较多，其性质、肥效各有不同。因此，在无公害淡水养殖中施肥时，必须了解所施肥料的特性，掌握施肥技术，并严格遵守操作规范。每次无论施用什么肥料，具体数量要根据水色浓淡来定，以水的透明度在25～35厘米，水色呈黄绿色或者褐绿色为宜。同时配合其他措施，才能经济有效地提高无公害水产品产量。
三、施肥对水产品安全的潜在危害
池塘施肥虽然能为所养殖的饵料鱼提供丰富的生物饵料，提高产量，但也可能对养殖水体环境以及水产品带来危害。人、畜禽粪肥中带有各种寄生虫和致病菌，不经处理就作为肥料施用到池塘中，水生动物就会成为这些有害生物的中间宿主或携带者，最终经食用危害人类健康。因此，在无公害淡水养殖中施肥时，必须了解所施肥料的特性，掌握施肥技术，并严格遵守操作规范，同时配合其他措施，才能经济有效地提高无公害饵料鱼的产量与质量。
