随着水温的降低，三毛金藻又将成为危害盐碱地区水产养殖的一大毒素。在我国主要是天津、山东、河北、广东、江苏、浙江、上海、辽宁、内蒙、陕西、宁夏等地，危害鲢、鳙、鳊、草鱼、梭鱼、鲤、鲫、鳗、鳅等多种鱼类及用鳃呼吸的水生动物，自夏花至亲鱼均可受害。一年四季都有发生，主要发生于春、秋、冬季，因这时的水温较低，其他藻类受低温影响，繁殖缓慢，数量较少，三毛金藻能耐低温而成为优势种，引起危害。
中毒初期，鱼焦躁不安，呼吸频率加快(全长3厘米的鲢，每分钟呼吸138-150次)，游动急促，方向不定；不久就趋于平静。反应逐渐迟钝，鱼开始向鱼池的背风浅水角落集中，少数鱼静止不动，排列无规则，受到惊扰，即游向深水处，不久又返回；鱼体分泌大量黏液，胸鳍基部充血明显，逐渐各鳍基部都充血，鱼体后部颜色变淡，反应更为迟钝而平静，呼吸频率逐渐减少；随着中毒时间的延长，自胸鳍以后的鱼体麻痹、僵直、尾鳍、背鳍、腹鳍都不能摆动，只有胸鳍尚能摆动，但不能前进，触之无反应，鳃盖、眼眶周围、下颌、体表充血，红斑大小不一，有的连成片，鱼布满池的四角及浅水处，一般头朝岸边，排列整齐，在水面下静止不动，但不浮头，受到惊扰也毫无反应，这时呼吸极其微弱，每分钟22次或更少，濒死前出现间歇性的挣扎呼吸，不久即失去平衡而死，但也有的鱼死仍保持自然状态。
防治方法
(1)水中总氨含量超过0.25毫克/升时，三毛金藻不能成为优势种，因此定期(少量多次)向池中施铵盐类化肥，尿素、氮水、氮磷复合肥，以及有机肥，使总氨稳定在0.25-1毫克/升，即可达到预防效果(杨秀兰等)。
(2)在pH8、水温20℃左右的盐碱地发病池早期，全池遍洒含氨20％左右的铵盐类药物(硫酸铵、氯化铵、碳酸氢铵)，每立方米水体放药20克，或放尿素12克，使水中离子铵达0.06-0.10毫克/升，可使三毛金藻膨胀解体，直至全部死亡。铵盐类药物杀灭效果比尿素快，故效果更好。但鲻、棱鱼的鱼苗池不能用此方法(杨秀兰等)。
(3)发病鱼池早期，全池遍洒0.3％黏土泥浆水，吸附毒素，在12-24小时内中毒鱼类可恢复正常，不污染水体，但三毛金藻不被杀死(王云祥等)。
