在没有采取措施的冬季，要做好冬眠前的处理工作，越冬之前多增加一些营养丰富的饵料，要以能量铒料为主，以增加体内的脂肪，为水蛭进入冬眠后有充足的能量做准备。一般情况下，水蛭在水温10 oC以下开始停食，陆续钻入土中。可在池的四周把土挖松，当温度在5 oC以下时即进入冬眠状态。在早春投放的种水蛭，繁殖的幼蛭此时一般都已长大，将水排干，把第二年要做种蛭的留下，集中投入育种池中越冬。
养殖水蛭，可以让水蛭自然越冬，也可以保温越冬。
自然越冬气温降至13℃以下时，水蛭钻入潮湿疏松的靠水面的泥土中越冬，也有少数在水池淤泥中越冬。一旦进入越冬状态，禁止进入池中越冬区域搅动，防止破坏水蛭越冬环境。为防止温度偏低，冰冻达越冬层，可以在越冬区域内覆盖一层水生植物保暖。水面结冰，应经常破冰，保持水中有足够的溶解氧。
保温越冬可以利用大棚、地热水、太阳能热水器保温、增温。进入10月份以后，气温降至20℃以下时，即可移入塑料大棚内越冬。水蛭在棚内到12月份才停止 生长，早春3月份即正常生长，有利于促进水蛭早繁育、多产卵。一般每平方米放养50—100条水蛭，在适温阶段投喂足量饲料，及时加注新水改善水质。温度 超过32℃时，开启大棚换气调节温度。在有地热水的地方开热水井，用保温管道将热水引入水蛭越冬池。越冬池面积通常在3亩以上，水深保持1米左右。有条件 的可以采用大容量太阳能热水器供热水，用塑料大棚保温。
