在淡水鱼的后肠内，尤其是1足龄以上的草鱼后肠中常有大量六鞭虫及鲩肠袋虫寄生，但对鱼的生长没有什么影响，为了避免误将它们作为致病的原因，故在此对这两种虫作简单介绍。
(一)六鞭毛虫
六鞭毛虫属鞭毛虫类。活体在低倍显微镜下观察，像一窝被惊动过的蚂蚁，横冲直撞，游动非常迅速。染色标本，虫体一般呈椭圆形或卵形。中华六鞭毛虫的大小为4.5-8.2微米×3-4.3微米；虫体的前端有1个着色很深的星状生毛体，从生毛体长出6根前鞭毛及2根后鞭毛；后鞭毛沿虫体部分与胞质相连，称轴索。紧接生毛体后面有2个长形胞核，呈八字形排列。六鞭毛虫寄生在草鱼、青鱼、鲤、鲫、长春鳊、三角鲂、鲢、鳙等多种淡水鱼的肠、胆囊、膀胱等处，尤其是1足龄以上的草鱼后肠常有大量寄生，对鱼的生长没有什么影响。只有当宿主已患细菌性肠炎病或其他肠道病时，再同时有大量六鞭毛虫寄生，则可使病情更为恶化。常与鲩肠袋虫同时寄生。
(二)鲩肠袋虫
鲩肠袋虫属纤毛虫类。虫体一般呈纺锤形或卵形，圆形的个体也可看到，大小为41-81微米×22-48微米。体表覆盖纤毛；腹面前端有1个接近椭圆形的胞口，从胞口的开口处渐斜向里面，深入到胞咽，形成一尖底的小袋；胞口左缘有一列粗而长的口纤毛(膜毛)，由体纤毛延伸而成；大核呈肾形，在大核的凹陷处有1个圆形小核；有3个伸缩泡；虫体内常有很多食物粒。在碰到阻碍时，虫体可变形。寄生在草鱼的后肠，2龄以上草鱼常有大量寄生，但只在肠腔内游动，肠壁未损伤时，鲩肠袋虫不钻入肠壁组织，对鱼的生长看不出有什么影响；只是当草鱼已患细菌性肠炎病时，再有大量鲩肠袋虫寄生，可加重病情。且常与六鞭毛虫同时寄生。
