1 因作物施用。不同农作物对复合肥中的养分形态和比例需求不一样。要根据不同农作物需肥特点来选择适当的复合肥品种。一般说来，禾谷类作物施肥要以提高产量为主，主要应根据土壤养分状况来确定复合肥中养分形态和配比；而经济作物（除油料作物和部分蔬菜品种外）对氮磷钾需求量排序是钾>氮>磷，经济作物增施钾肥不仅可以提高产量，更重要的是对改善品质有重要作用。与大多数经济作物一样，块根类作物（如红薯）、根茎类作物（莲藕）、玉米等宜选用含钾量比较高的复合肥；相对而言，花生、芝麻、油菜、辣椒等作物要注意选用含磷量较高的复合肥；叶类蔬菜宜选用含氮量较高的复合肥。西瓜、草莓、葡萄、烟草、茶叶等忌氯作物应选用含氯量低的硫基复合肥。
2 因土施用。根据土壤供肥水平，因地制宜选择合适的复合肥配比与用量，土壤供肥水平高的可以少施。根据土壤质地，沙质土壤，保肥性差，要前轻后重，少量多次；黏重土壤应前重后轻，可一次大量施用。根据土壤酸碱性，碱性土壤施用酸性复合肥，酸性土壤施用碱性复合肥，以调节土壤酸碱度。盐渍土不要施用氯化钾型复合肥和含钠的复合肥，避免土壤含盐量的增加。
3 因养分形态施用。含铵态氮、酰胺态氮的复合肥在旱地和水田都可使用，但应深施覆土；含硝态氮的复合肥宜施于旱地；含水溶性磷的复合肥在各种土壤上均可施用；含弱酸溶性磷的复合肥在酸性或中性土壤上作基肥优于碱性土壤。氯化钾型的复合肥不宜在忌氯作物和盐碱地上施用。含硫酸根离子的复合肥，不宜在水田和酸性土壤中施用。
4 注意选择合适的浓度。多数复合肥是按照某一区域土壤类型平均养分状况和大宗农作物需肥比例配制而成。市场上有高、中、低浓度系列复合肥，一般低浓度总养分在25%～30%之间，中浓度在30%～40%之间，高浓度在40%以上。要根据地域、土壤、作物不同，选择使用经济、高效的复合肥。一般高浓度复合肥用在经济类作物上，可使作物品质优，肥料残渣少、利用率高。
5 深施覆土。因复合肥中含有两种或两种以上大量元素，氮地表施易挥发损失或雨水流失，磷、钾易被土壤固定，特别是磷在土壤中移动性小，施于地表不易被作物根系吸收利用，也不利于根系深扎，遇干旱情况肥料无法溶解，肥效更差。(www.nczfj.com)所以复合肥应深施，尽可能避免地表撒施。根据作物生育期根系的分布深度、不同生育期的营养要求而定，可以深施至某一土层，也可以分层深施。
6 注意避免种子与肥料直接接触或种肥混合使用。复合肥养分含量高，若与种子或幼苗根系直接接触，会影响出苗甚至烧苗、烂根。播种时，种子要与穴施、条施复合肥相距5～10厘米，切忌直接与种子同穴施，造成肥害。
7 与单质肥料配合施用。复合肥养分比例固定，在使用时要配合使用单质肥。某些专用复合肥虽然根据作物的需肥特点、试验土壤的供肥特性确定了适宜的养分配比，但也很难完全符合不同肥力水平土壤上作物实际生长的要求，因此有必要根据作物的实际生长情况，再配合使用一些单质肥。如在缺氮土壤上对需氮较多的叶菜类需使用一些氮肥，在缺钾土壤上对需钾较多的西瓜后期需使用一些钾肥。
8 与有机肥配合施用。虽然现在大多数复合肥都是多元的，但仍然不能完全取代有机肥，有条件的地方应尽量增加腐熟有机肥的施用量。复合肥与有机肥配合施用，可提高肥效和养分的利用率。有机肥的施用，不仅改良土壤，活化土壤中的有益微生物，更重要的是节省能源，减轻环境的污染。使用一些生物有机肥，不但可免去传统制作有机肥的繁琐过程，而且可为土壤提供大量的有益微生物，活化土壤养分，减少连作障碍。
9 忌连年使用“双氯”复合肥。“双氯”复合肥是以氯化铵、氯化钾为原料生产的复合肥，其中氯离子含量高。氯离子是作物生长所需的微量元素，适量能促进作物生长，过量会造成肥害。如果连年施用“双氯”复合肥，氯离子在土壤中存留量大，作物过量吸收会发生“氯害”，同时土壤也会发生“盐害”。
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