冬季修剪苹果树时若忽视剪锯口的保护，会直接导致伤口愈合效果差，干腐病、腐烂病侵染严重，对树体造成较大伤害，因此，修剪时一定要注意剪锯口的保护和利用。
修剪时要避免造成过多、过大的剪锯口，尤其是各级骨干枝上不要造成过多、过大的伤口，以免造成树势衰弱。其次，剪锯口要求光滑、平整，不能留毛茬边，对较大的剪锯口，要用锋利的刀子削平，以利于提早愈合。最好选用具有封闭杀菌愈合功效的青苹果愈合剂涂抹伤口，按规范化技术边剪边涂抹封闭伤口。这样既可以防止水分散失，又可以避免干腐病、腐烂病的侵染，促进愈合。对主干或各级骨干枝的大中枝锯除的伤口，可于第二年春季萌芽前进行桥接，以便输送营养，促进伤口提前愈合。
在修剪过程中，充分利用剪锯口。根据枝条的生长空间，适当短截可促发剪口下的芽，改变原枝条的生长方向。对于各级骨干枝的背上枝或一年生、两年生的徒长枝，可通过回缩将其改成斜生或充分利用背下的牵制之组，以利提早成花、结果。
对于生长过旺的结果主枝或结果枝组在基部多疏枝、多造伤，可削弱生长势，减少生长量，控制强旺枝组生长。在疏除大枝或徒长枝时，为避免全部疏除后形成较大的空间，可用“背上疏净，背侧马耳，背下留芽”的方式，意思是说，疏除背上枝时，剪口要平、要狠，不能留桩，疏除背侧枝上窄下外宽、马耳状、以利让其基部萌发小的枝条来占据空间。背下不留芽，平剪不发枝。
对于当年生枝或多年生枝，可以在壮芽处短截，也可用刻芽环割的方法促发萌芽。对于当年生枝发芽前在芽后刻，造伤，可防止该芽萌发。
