农业防治：一是轮作换茬。选择2～3年不种瓜类作物的地块种西瓜，可较好地控制该病的发生并兼防治西瓜枯萎病。二是选用抗病品种。据调查，目前抗病性较强的品种有郑抗3号、京抗2号、郑杂5号、西农8号等，可因地制宜选用。三是土壤消毒。四是配方施肥。施足腐熟的有机肥和饼肥，搞好氮磷钾配方施肥，外施微肥，增施生物肥料，生长期进行叶面喷肥，提高西瓜植株抗病能力。五是加强棚室栽培管理。采用小水勤浇或滴灌方法，避免大水漫灌，及时排水通风，使用长寿无滴膜，降低棚内湿度，在发病初期及时摘除病叶、病果，拔出重病株并带到棚外销毁或挖坑深埋，以控制病害蔓延。六是选择无病瓜留种。
化学防治：喷洒化学农药进行防治时，要做到科学合理施用农药，注意交替、轮换用药。种子消毒用55℃温水浸水20分钟，可杀灭多种病菌；用50%福美双或25%甲霜灵按占种子量的0.3%～0.4%拌种可较好地杀灭种子带菌。在发病初期及时喷药防治，可选用50%多菌灵可湿性粉剂500倍液、75%百菌清可湿性粉剂600倍液、70%代森锰锌可湿性粉剂400倍液、70%甲基托布津可湿性粉剂600倍液、50%施保功可湿性粉剂500倍液。隔7～10天防治1次，连防2～3次，效果较好。湿度大时可选用45%百菌清烟剂250～300克，傍晚闭棚前将药分成4～5份均匀置于棚内，用火点燃，起烟后闭棚熏杀1～2个晚上，能较好地控制该病的发生蔓延。
