防止施用硝态氮肥施用硝酸铵、硝酸钾等硝态氮肥后，容易使蔬菜积累硝酸盐；也不宜用含氯化肥，氯离子能降低蔬菜的淀粉和糖的含量，使蔬菜品质变坏，产量降低，而且氯离子会残留在棚室土壤中，能导致土壤酸化，容易造成土壤缺钙。氯化钾、硫酸铵等化肥施入土壤后，氨离子、酸根离子不易被作物吸收而残留在土壤中，会使土壤溶液浓度升高，危害作物正常生长。因此，大棚施肥应选用尿素、磷酸铵、磷酸二铵、过磷酸钙及专用肥等。
防止在干旱条件下施肥蔬菜是喜水作物，在土壤干旱时施肥，不但肥效不能充分发挥，而且还会使土壤溶液浓度骤然升高，造成蔬菜烧根。因此，蔬菜施肥时要与灌水相结合，要开沟施肥，把肥料埋严实后再灌水，或顺水追肥。
防止浅层施肥大棚由于密闭程度较好，浅层施肥或撒施肥料，极易使肥料挥发，既减少肥效，又易产生氨气危害。追肥时，应做到穴施或条施，深度为5-6厘米，最好与蔬菜根系保持8-10厘米的距离，这样可减少蔬菜对硝酸盐的积累，提高利用率。
防止过量施用未腐熟的有机肥过量施用猪、牛、羊粪等有机肥，在分解过程中产生的氨气和亚硝酸气体会对蔬菜产生危害。如当氨气浓度超标时，黄瓜和番茄就会受害，最初叶片像被开水烫过一样，干燥后成褐色；亚硝酸浓度超标时，会使茄子、辣椒等敏感蔬菜受害，严重时叶片发白而枯死。大量使用没有充分腐熟的饼肥，局部容易产生高温和高浓度的氨及有机酸，容易烧根。
防止施肥过量大棚追肥要严格按照“少量多次”的原则，防止过量施肥。不同土壤每亩1次施用化肥的限量：尿素每亩不超过0.6千克；磷酸二铵沙壤土25千克、黏土和壤土35千克；过磷酸钙基施沙壤土40千克、壤土和黏土50千克。一旦发现施肥不当，大棚内有害气体含量过高时，要于中午气温较高时打开通风口换气，降低有害气体浓度，以保证蔬菜的正常生长。
