土壤酸害：连作蔬菜大棚由于长期施用生理酸性肥料，过量施用氮肥，使硝态氮大量积聚，同时有机肥施用又偏少，土壤缓冲性差，因而使土壤酸化，严重时作物会出现死苗，生长点坏死等现象。
土壤盐渍化：蔬菜大棚全年土温较高，加之较高的湿度，土壤微生物活动旺盛，加速了土壤养分转化和有机物质的分解速度，同时由于常年不合理的过量施肥，又缺少雨水淋溶，使残留在土壤中的各种肥料盐分随浇灌水向耕层积聚，形成次生盐渍。
二氧化氮和氨过剩中毒：菜农在大棚蔬菜施肥上往往偏重于施氮肥，以为氮肥见效快，易增产，但却忽略了氮肥过多的情况下，就会毒害蔬菜叶片，叶背产生白斑和黄色小斑点等肥害状，同时植株内游离氨过多，病虫害易发生且加剧。
土壤养分失衡造成生理缺素障害：在连作情况下，连续大量施用相同或相似的肥料，而特定作物对养分的吸收具有一定的选择性，这样会使某些元素过度缺乏，而某些元素又过多剩余积累，造成土壤养分不均衡。
防治棚菜土壤连作障害的措施：应用秸秆生物反应堆技术：秸秆在微生物菌种净化剂等作用下，定向转化成植物生长所需的二氧化碳，热量抗病孢子、酶、有机和无机养料，在反应堆种植层内，20厘米耕作层土壤孔隙度提高一倍以上，有益微生物群体增多，水、肥、气、热适中，对大棚蔬菜地土壤连作障害有治本的作用。
增施有机肥：有机肥养分全面，对土壤酸碱度、盐分、耕性、缓冲性有调节作用。
平衡施肥：化肥施用不合理，尤其是氮肥施用过多，是连作蔬菜大棚土壤障害的主导因素。因此平衡施肥是大棚蔬菜生产、高产、优质、高效的关键措施。
合理轮作倒茬：利用不同蔬菜作物对养分需求和病虫害抗性的差异，进行合理的轮作和间、混、套作，也可以减轻土壤障害和土传病害的发生。
深翻消毒：深翻可以增加土壤耕作层，破除土壤板结，提高土壤通透性，改善土壤理化性状，消除土壤连作障害。结合深翻整地用棉隆颗粒剂进行化学消毒，也可有效减轻连作障害的发生。
调节土壤pH值：蔬菜连作引起土壤酸化是一种普遍现象，每年对棚内土壤要作一次PH值检测，当PH值5.5时，翻地时每亩可施用石灰50-100公斤，与土壤充分混匀，这样不但可提高PH值，还对土壤病菌有杀灭作用。
