苹果树在1年的生长周期中，不同时期树体对腐烂病的抗性不同，腐烂病发生情况也有很大的差别。
潜伏期苹果树从春季出芽展叶到11月落叶为生长期，也是苹果树对腐烂病的抗病时期。在这个时期，树体光合作用，水分代谢以及其它生理活动旺盛，能制造大量的营养物质，对腐烂病有很强的抗性。因而，除个别管理不善，生长势弱，抗病性差的果园外，大部分果园苹果不发生或很少发生腐烂病。在我国西北果区，苹果树6月开始产生翘皮，7月达高峰，8月在翘皮上可分离到腐烂病菌，10月底调查，带菌翘皮下面的健康组织基本不发生腐烂病斑，说明在苹果树的抗病时期，腐烂病菌主要寄生在粗老翘皮的死组织上，一般不会扩展到健康皮层上形成腐烂病斑。在这个时期果园看到大小不等的腐烂病斑大多是春季没有刮治的遗留病斑。
发病期苹果树从落叶（11月）到次年春季出芽展叶（3月底或4月初）为休眠期，也是苹果树腐烂病发病时期。苹果树落叶以前，树体内大量的营养物质流向果实，加之落叶以后，光合作用，水分代谢以及其它生理活动基本停止，糖、氮等营养物质含量达最低水平，树体处于饥饿状态，抗病力很弱，最容易发生腐烂病。
春季的2月至3月（展叶之前），称发病后期，气温逐渐回升，适合腐烂病菌的生长繁殖，翘皮死组织上的腐烂病菌会很快入侵健康树皮形成新病斑。原有的小病斑会迅速扩大，经10多天就会变为大病斑，为腐烂病的发病高峰期。苹果树出芽展叶以后，即进入抗病时期，腐烂病停止发展。
