在北方地区，胡萝卜贮量大且贮期长，在冬春蔬菜种类调剂或后期深加工上有重要作用。
防止萌芽和糠心是胡萝卜冬季贮藏的首要问题。若贮藏温度高，气温低，不仅因萌芽和蒸腾脱水导致糠心，而且也增大自然损耗；若贮温过低，则肉质根易受冻害。所以胡萝卜的贮藏环境必须保持低温高湿的条件。通常适宜贮藏温度为0~3℃，相对湿度为90%~95%。胡萝卜常用的贮藏方式有以下几种：
一、沟藏
用于胡萝卜的贮藏沟，一般宽1~1.5米，过宽则增大气温的影响，减少土壤的保温作用，难以保持沟内的稳定低温；沟的深度应当比当地冬季的冻土层再稍深0.6~0.8米，长度视贮量而定。贮藏过程中，随环境温度的变化来调节覆土厚度以降低沟内的温度。
贮藏沟应设在地势较高，水位低而土质粘重保水力较强处，东西延长。一般底土较洁净，杂菌少，供覆盖用。表层土堆在沟的南侧起遮荫作用，利用土堆遮荫，尽可能增加其高度，不需附加材料，在贮藏的前中期便可起到良好的降温和保持恒温的效果。
胡萝卜可以散堆在沟内，厚度一般不超过0.5米，以免底层产品受热腐烂。最好是与湿沙层积，有利于保护湿润并提高直根周围的二氧化碳浓度。下窖时在产品表面覆上一薄层土，以后随气温下降分次添加，最后约与地面平齐。必须掌握好每次覆土的时期和厚度，以防底层温度过高产品腐烂或表层产品受冻。为了掌握适宜的温度情况，可在沟中间设一个竹筒或木筒，内挂温度计，深入到胡萝卜中定期观察沟内温度，以便及时覆盖。埋藏的根菜多数为一次出沟，翌年天气转暖时，除掉覆土，挑出腐烂的直根，完好的削去顶芽放回沟内，覆一层薄土，可继续贮存一段时间。
二、堆垛藏法
胡萝卜在窖内或通风库中可散堆或码垛，堆不可过高，一般堆高为0.8~1米，否则堆内温度高易腐烂。为了增强通风散热效果可在堆内每隔1.5~2米设一通风筒。贮藏中一般不倒堆。在窖或库内用湿沙土层积要比散堆效果好，便于保湿并积累二氧化碳。注意窖或库内的温度，必要时用草帘加以覆盖，以防受冻。贮藏中定期抽查，发现腐烂产品及时挑除。
三、塑料薄膜半封闭贮藏法
在通风库内将胡萝卜堆码成一定大小的长方形垛，入贮开始或库温升高萌芽前用塑料薄膜帐罩上，垛底不铺薄膜，半封闭状态可适当降低氧气浓度，提高二氧化碳水平，保持高湿，延长贮藏期，保鲜效果更好。贮藏中可定期揭帐通风换气，必要时进行检查挑选。
四、塑料薄膜袋装贮藏法
在窖内或通风库内采用0.07~0.08毫米厚的薄膜聚乙烯塑料袋密闭贮藏胡萝卜，能有效抑制脱水和萌芽，在1℃低温下贮藏，效果很好。
