有腐蚀作用的肥料碳酸氢铵具有挥发性和腐蚀性，易熏伤种子和幼苗，过磷酸钙含有游离态的硫酸和磷酸，对种子发芽和幼苗生长会造成伤害，一般不宜做种肥。
有毒害作用的肥料尿素在作物的生长过程中，常生成少量的缩二酸，缩二酸的含量若超过20%，对种子和幼苗就会产生毒害。另外，含氮量高的尿素分子透入种子的蛋白质分子中，使蛋白质变性，对种子发芽和幼根产生毒害。
含有害离子的肥料氯化钾等含有氯离子的化肥，施入土壤后会产生水溶性氯化物，对种子发芽和幼苗生长不利，容易烧种、烧苗。硝酸铵、硝酸钾等肥料所含的硝酸根离子，对种子发芽有毒害作用。
未腐熟的农家肥农村常用厩肥、人粪尿水等做种肥，如果未腐熟，在发酵过程中释放大量热能易烧根系，释放氨气灼伤幼苗。所以未腐熟的有机肥不要施用，经过堆沤高温发酵、充分腐熟后才能做种肥。
