在棉花播种育苗和移栽过程中应正确施肥，确保苗全、苗齐、苗壮。
苗床基肥精而适量棉花苗期植株体小，需要的养分不多，苗床基肥用量不宜过多，强调精而适量。有机肥要充分腐熟，并剔除杂草根茎。选用生物有机肥的，每10平方米苗床用量不超过5公斤，复合肥用量不超过1公斤。选用腐熟人粪尿的，提前20天施用，施肥后耕翻，与土混匀。不能用尿素作苗床基肥。
大田基肥深施、早施目前不少棉田没有耕翻预留棉行，准备工作滞后，准备移栽棉苗的田块中满幅油菜或小麦，施用基肥时间紧迫。当务之急，一是抓紧深翻预留棉行，在油菜、小麦收获后抢施基肥，每亩施高含量复合肥30-40公斤。
棉苗追肥重在轻速棉花苗期营养体小、根系幼嫩，追肥用量一次不能过大，否则会产生反渗透，使棉苗水分倒流，抑制生长发育。苗床上宜施腐熟烯粪水或稀尿素溶液，同时配施惠满丰等活性液肥。大田移栽的棉苗待新叶展开后再施尿素，每亩用量不超过5公斤。
