误区一认为微生物菌剂等于微生物菌肥
微生物菌剂是指目标微生物（有效菌）经过工业化生产扩繁后，利用草炭、蛭石等多孔的物质作为吸附剂，吸附菌体的发酵液加工制成的活菌制剂，其保存环境、使用期限相对严格，活菌一旦失效，产品基本没有使用价值。
微生物菌肥常见的有生物有机肥和复合微生物肥料两种。微生物菌肥活菌即使失效，产品仍可作为一般有机肥或复合肥料使用。
误区二
认为有效活菌数量越多越好
施用微生物肥料不要一味的追求单一菌种的高菌含量。有益菌在土壤中需要与其他菌种相互配合、协同生长才能发挥巨大的作用。
当然，合格的微生物肥料对有效活菌数是有基本要求的。生物有机肥标准规定有效活菌含量不低于0.2亿/克，有机质含量不低于40%；微生物菌剂标准规定有效活菌数不低于2亿/克（毫升），颗粒型不低于1亿/克；复合微生物肥料标准规定有效活菌数液体为0.5亿/毫升，固体为0.2亿/克。
误区三
施用微生物肥料后土壤长毛与其肥料的好坏相关
其实，土壤里出现的白毛或菌丝大多为杂菌，也有的为粘菌，而小蘑菇多是鬼伞科真菌。这些菌类喜欢生活在潮湿的地方，多数为腐生菌，对温度要求不是很严格，一般在2℃～33℃均可生长。所以，并不能以此来判断微生物的好坏。
