不宜过量施用未经腐熟的厩肥。大棚蔬菜施用农家肥时要充分腐熟，因为没有经过腐熟的农家肥存有病菌和虫卵，给蔬菜施用后，容易使病害得到传播。另外，如果将农家肥放到大棚里再进行腐熟，产生的氨气将会烧伤菜苗。
不宜施用易使土壤溶液浓度升高的肥料。氯化钾、硫酸钾、硫酸铵等化肥施入土壤后，酸根离子、氯离子等不易被作物吸收而存留在土壤中，会使土壤溶液浓度升高，为害作物正常生长。故棚室施肥应选用磷酸铵、磷酸二铵、尿素、过磷酸钙、硝酸铵及BB专用肥等。
不宜施用新鲜人粪尿。新鲜人粪尿施入棚室土壤后，由于棚内温度高，会很快腐熟分解，影响作物对水分和养分的吸收，并产生大量氨气，毒害作物，进而发生烧苗现象，严重时导致植株变褐干枯。
不宜表土撒施化肥。氮肥表土施用与空气接触的机会较多，氮肥挥发产生的氨气容易毒害植株，同时还降低肥效。实行化肥深施，能减少作物对硝酸盐的积累，提高利用率。追肥采用开沟深施，施后立即用土盖严，并及时浇水，将肥料稀释。
追施化肥不宜过量。大棚温室追肥要严格按照“少量多次”的原则，防止过量施肥。一次追施化肥过多，不仅造成浪费，还会使土壤盐分浓度升高危及蔬菜。不同土壤每亩一次施用化肥的限量为：硝酸铵砂壤土15公斤，壤土和黏土18公斤；尿素沙壤土10公斤，壤土或黏土12公斤；基施过磷酸钙砂壤土40公斤，壤土或黏土50公斤；磷酸二铵砂壤土25公斤，壤土或黏土35公斤。
