立秋后气候转凉，光照充足，降水渐少，韭菜光合作用旺盛，快速生长，营养向根系积累，是壮苗养根的关键时期，所以秋季要加强水肥管理，病虫防治，促使根系发育，打下明年早萌芽和提高产量的基础。
肥水管理：立秋后气温渐低，有利韭菜生长。在韭菜迅速生长之前，应进行一次重追肥，每667平方米追施腐熟豆饼300～500千克。追肥时用竹竿从行间把韭菜拨向两侧，露出行间地面，开小沟，内撒放豆饼，然后盖土。施肥后浇一次大水。也可先浇水，待畦面适宜后，用竹竿从行间把韭菜从行间分向两侧，将豆饼撒施于行间，接着划锄，将豆饼与土混匀再踏实。以后每5～7天浇水1次，连浇4～5次。9月下旬结合浇水每667平方米施尿素20千克，10月上旬停止浇水施肥。
停割防倒：韭菜养根期间停止收割，停割后韭菜生长快易倒伏，田间隐蔽后，常发生病害烂叶状况，因此，要在韭菜畦两边支架，畦内拉铁丝以防韭菜倒伏，这样有利于田间通风透光，保持韭菜旺盛的光合作用，促进韭菜生长，减少病虫害发生。
病虫防治：韭菜养根期间要注意病虫害防治。主要病害是韭菜疫病和灰霉病，高温多湿是发病的主要原因，常用药剂有50％多菌灵可湿性粉剂500～800倍液，或50％粉锈宁800～1000倍液。虫害主要是韮蛆、蓟马等。韮蛆秋季在9～10月危害，防治幼虫可用50％辛硫磷乳油3000倍液，顺韭根进行浇灌，或每667平方米用乐斯本乳油150～200毫升，对水1000千克，喷雾器拧去喷头，将药液顺行喷入韭菜根部。
