由于棚室菜地施肥量大，冬春季节封闭得严，且气温底，光照弱，蔬菜体内硝酸还原酶活性低，容易积累硝酸盐。如何通过追肥减少蔬菜中硝酸盐的积累，是无公害蔬菜施肥应注意的问题。
一、禁止施用硝态氮肥。如硝酸铵、硫铵、硝酸磷钾、硝酸磷、硝酸钾及含硝态氮的复合肥。施用后容易使蔬菜积累硝酸盐，严重危害人体健康。此外，不宜施含氯化肥如氯化钾、氯化铵等，氯离子能降低蔬菜的淀粉及糖含量，使品质变劣，产量降低。
二、控制氮肥施用量。蔬菜田施氮肥不能过量。要使蔬菜达到国家规定的无公害标准，必须降低蔬菜中的硝酸盐含量。根据不同蔬菜需肥量而定，一般每亩以10至12公斤纯氮为宜，氮肥要深施，并要与磷钾肥配合施用或施用三元复合，施后要及时盖土，收获前20天停止追施。
三、施用生态有机肥。利用畜禽粪便经过发酵生产的生态有机肥。生态有机肥有机质含量可达45%，对蔬菜能起到固氮、介磷钾的作用，还能分介农药及化肥的残留物质。给无公害蔬菜生长创造良好环境。
四、实施配方施肥。大棚蔬菜对氮、磷、钾的最大需求期分别为：黄瓜在种植后75至140天，番茄在30至52天，甜椒在30至60天。最佳化肥（氮、磷、钾施用比例为黄瓜1:0.67:1.83，番茄为1:0.38:1.75，甜椒为1:0.38:1）。蔬菜对微量元素虽说需要极少，但必不可少，使用微肥叶面喷洒，应把好用量标准。注意叶菜不要叶面喷肥，以免增加硝酸盐含量，不宜多施磷酸二铵。
五、限制使用激素。有些菜农不讲蔬菜的品质，为了追求高产，早熟早上市，施用赤霉素、乙稀利、多效唑等激素催长、催熟，大大降低了蔬菜的品质，人们长久食用对身体健康极为不利。
