防胡萝卜窖储时发病，应从源头抓起。
1.药剂拌种。播前用种子重量0.3%的70%代森锰锌或75%百菌清拌种。此法能从源头上防止黑斑病、黑腐病、软腐病等病害，为胡萝卜储存打下良好的基础。
2.尽量降低土壤湿度。有些年份特别是农历八月十五前后，胡萝卜生长进入后期时降雨不断，使得低洼地大面积积水。如果不及时把水排除，持续的浸泡足以让胡萝卜出现开裂、多根甚至腐烂症状，与此同时，各种病原物也大量繁殖。收获时，病原体也随之带入窖中，待到窖里的温度和湿度适宜时，就会大量繁殖成老鼠粪模样的病原物。该病原物的毁灭力经常让整窖的萝卜烂掉。为此，菜农要根据天气预报信息进行田间管理，不要盲目浇水。
3.入窖前处理要细致。胡萝卜入窖前，在去缨削顶的过程中要做到以下几点：一是宁可多削不少削；二是发现黑心的就地剔除不入窖；三是宁要小的不要裂的；四是尽可能地让采收的胡萝卜多接受强太阳光的照射，时间不要低于一个半小时。
4.窖的规格要适宜。挖窖尽量选择东西向；宽度不超1米，深度以83厘米为最佳，上下不超2厘米误差；在窖底要适量撒一些生石灰粉以杀灭病原菌；胡萝卜叠放厚度不要超40厘米；要做到分期覆土，始终保持窖内温度为0℃~3℃。一般年份至少要盖3次土，并且要预留10厘米高以便特冷之年再覆土。
