重视有机肥适用在大棚蔬菜种植面积发展迅速的地区，很多新菜地更要注重有机肥的施用。只有将大量有机肥混入土壤，使根层土壤性状改善，结构良好，具有缓冲性能后，才有利于蔬菜根系的伸展，提高土壤的保水和保肥容量，减少频繁灌溉带来的养分流失和提高肥料利用率。施用有机肥的数量不能少，一般用量为每亩5～10方。有机肥的种类也要讲究，例如，常见的鸡粪含有大量的磷、氮养分，但是碳氮比例较少。而秸秆堆肥的氮、磷含量少，碳氮比例较宽多，可以将二者混合施用。大量施用混合型有机肥，既可全面平稳地供蔬菜养分又可改良土壤，效果明显。
水分管理看天看苗冬季大棚内果菜苗期需要蹲苗，表土干燥可促进根系下扎，因此要少灌水，控水即稳住了生长速度，苗不徒长，好天气时适当通风锻炼菜苗，便可培养出壮苗。到了结果期后灌溉很重要，每次的灌溉时间需要看天，阴天不灌水，寒流天气不灌水，因为灌水会降低土温，影响蔬菜的生长和土壤养分的释放。在同一天内灌水要等太阳出来后再灌才好。结果期的灌水一般要与追肥同步，实现水肥一体化。
基肥追肥配合施用基肥应深施。在有机肥基础上，适量配施三元复混肥(约30公斤/亩)。复肥的氮、磷、钾比例要适中，不要突出氮肥，即使在不施有机肥的情况下，也不要选择高氮型复合肥，因为高氮不仅会使苗不壮，还可能引发番茄脐腐病等症状。除了复混肥也可采用单一型氮肥加普钙和硫酸钾或氯化钾。微酸性土壤地区可选用钙镁磷肥，它比其它磷肥更佳。
果菜采收期长，需要边采收边补充养分，才能满足不断开花结果的需要。所以，追肥同样很重要，追肥要采用少量多次的原则，以氮、钾肥为主。氮素每次不超过5公斤，肥水配合达到一体化。追肥时期分第一穗果膨大期的催果肥，第二、三穗果膨大期的壮果肥；进入盛果期后，根系衰弱吸肥能力下降，既可土施追氮、钾肥，也可采用根外追肥喷施磷酸二氢钾、硝酸钙或氯化钙、硼砂等成分的水溶肥。以保后期壮株壮果，减少生理病害的发生，提高果品质量。
补充中微量元素在高产和新菜地大棚蔬菜生产中，要适当注意中微量元素肥料的补充，因为果菜对钙、镁、硼等养分的需求量比较大，除了常见的番茄“脐腐病”以外，近年来裂果的发病率也日趋严重，大棚蔬菜容易出现裂果、软腐等生理病害而影响到产品的质量，为此在蔬菜生长的中后期适当施用中微量元素肥料。养分主要选钙、硼、镁、锌等。根据缺素程度的差异分别采用根外追肥或土施的不同方式，肥料品种可选单一型或复合型，但不要选十全大补型的，那样的肥料针对性差，效果并不明显，肥料剂型可选液体或固体。
