棉花从出苗到现蕾的一段时间为苗期，一般经历40-45天。此期由于气温仍较低，幼苗嫩小，抗病力弱，极易受病虫危害造成缺苗断垄，或使棉花生长受阻，影响壮苗早发。此期病害主要有立枯病、炭疽病、棉疫病等，虫害主要有小地老虎、棉蚜、棉叶螨、棉盲椿象、蓟马等。
1.病害防治。棉苗出土后要早中耕、勤中耕，以提高地温，疏松土壤，促进根系、植株生长发育，减轻苗病的发生。立枯病、炭疽病发病初期可用50%多菌灵可湿性粉剂500-800倍液或75%甲基硫菌灵可湿性粉剂800-1000倍液喷雾进行防治，每7天喷一次，连喷2-3次。棉疫病发病初期可用58%甲霜灵锰锌可湿性粉剂或70%代森锰锌可湿性粉剂600-800倍液喷雾防治，每5天用药一次，连续用药3-4次。
2.虫害防治。防治小地老虎选用40%辛硫磷乳油500-800倍液灌根或亩用3%辛硫磷颗粒剂2-3公斤拌细土20公斤撒施结合浇水。当棉苗三叶期前卷叶率达10%，四叶期后卷叶率达20%时，立即用药防治棉花苗蚜，选用10%吡虫啉可湿性粉剂2000倍液或3%啶虫脒可湿性粉剂3500-4000倍液加适量有机硅助剂喷雾进行防治。
防治棉叶螨选用1.8%阿维菌素或20%哒螨灵乳油2000倍液加适量有机硅助剂喷雾进行防治。
在棉盲椿象发生田，被害株率达到2%-3%，百株有成、若虫1-2头时，应立即用药进行防治。亩用1%甲氨基阿维菌素乳油50毫升，或4.5%高效氯氰菊酯乳油40毫升+40%毒死蜱乳油60毫升，或马拉硫磷乳油对水30公斤加适量有机硅助剂喷雾进行防治。
棉蓟马的防治，在播种前使用50%的辛硫磷乳油1公斤，对水25-50公斤拌种100公斤，可有效防治苗期蓟马。定苗后百株有虫15-30头或3片真叶前百株有虫10头、4片真叶后百株有虫20-30头，可采用以下药剂进行防治：50%辛硫磷乳油1500倍液，或25%吡蚜酮可湿性粉剂1500倍液，或1.8%阿维菌素乳油2000-4000倍液，或70%吡虫啉可湿性粉剂1500-2000倍液。
