由于含氨基酸肥料相对成本较高，多使用于经济价值较高的作物。
东北、山东地区的大棚樱桃、大棚油桃往往在早春萌芽，气温及不稳定，为了保证产量，在开花前7天喷施鱼蛋白1500~2000倍稀释液能减少畸形花数量，同时降低温度剧烈变化引起的落花现象；在果实膨大期喷施鱼蛋白2000倍稀释液能提高果实均匀度，促进膨大，增加产量。
葡萄在萌芽后喷施鱼蛋白1500倍稀释液，能加快生长，提高对异常天气的抵抗力。在膨果期喷施鱼蛋白2000倍稀释液，能显著提高产量，增加含糖量。
在水稻三叶一心、分集期、灌浆初期、中期各喷施一次鱼蛋白叶面肥，水稻植株健壮、叶色浓绿，成熟时水稻的稻穗长、空秕率低、稻谷的千粒重增加。另外，水稻生长完熟期叶片转色快，可提早成熟。
在结球甘蓝生长期内适时冲施3次鱼蛋白肥料，能够促进甘蓝的生长发育，提高产量。
棉花现蕾期、坐铃期、采摘前用鱼蛋白肥叶面喷施各一次，能够促进棉花生长，主要表现为棉花植株增高、单株结铃数增加、单铃重上升，产量增加。
在西瓜初花期、结果初期各喷施鱼蛋白肥料一次，能显著提高产量，增加含糖量。
番茄、辣椒等作物在病毒病发生初期，用鱼蛋白叶面肥配合杀病毒农药使用，能够缓解病毒病引起的叶片皱缩、条斑、花叶等症状。
北方地区越冬种植的大棚黄瓜，在定植和开花前后各喷施一次鱼蛋白，能够显著降低雾霾、寒潮引起的生长不良、减产，同时提升果实品质。
花卉采摘前10天喷施一遍鱼蛋白叶面肥，能够延长花期，有助于花卉保鲜、耐运输。
露天蔬菜如果出现药害、肥害，引起僵苗现象，可以及时冲施、喷施鱼蛋白等含氨基酸肥料，缓解生长不良现象，使植株尽快恢复生长。
