微量元素肥料主要是无机盐类或氧化物，一些矿物、冶金的副产物或废料常常可以用作微量元素肥料的原料，其生产方法与无机化工产品的生产方法相同。此外，还有两种形态的微量元素肥料：一种是含有微量营养元素的玻璃态物质，由相应的无机盐或氧化物与二氧化硅共熔制成；另一种是金属元素的螯合物，例如铜、铁、锰和锌与乙二胺四乙酸(EDTA)制成的螯合物。这种螯合态微量元素肥料的使用效果好、速效，但是成本很高，尚未广泛采用。
微量元素肥料施用方法有土壤施用和叶面喷施用两种。由于单位面积的施用量很小，所以一定要用大量惰性物质稀释后才能施用，施用不均匀时会毒害部分作物。微量元素肥料常需混入常量肥料中一起施用。通常采用下列两种方法。
在生产常量颗粒肥料中混入这种方法比较方便和经济，不会产生养分不均匀现象，缺点是灵活性较差，难以满足市场的多种要求。
把微量元素肥料粉末涂包在常量颗粒肥料的表面这种操作可在二次加工厂进行，可随时满足市场的需要。常量颗粒肥料与微量元素肥料在小型混合器内混合约1分钟，然后喷入少量的油、水或微量元素盐类的水溶液，并继续混合，产品仍保持外观干燥。
肥效
微量元素肥料的肥效跟土壤的性质有关。在碱性土壤中，除钼的有效性增大以外，其他都降低肥效。对变价元素来说，还原态盐的溶解度一般比氧化态盐大，所以土壤具有还原性，铁、锰、铜这些元素的肥效增大。土壤有机质中的有机酸对有些元素有配合作用，跟铁形成的配合物能增大铁的肥效，但会降低铜、锌的肥效。
使用方法
土壤施肥常用的微肥除化学肥料外（如硼砂、硫酸锌、硫酸锰等）还有整合肥料、玻璃肥料、矿渣或下脚料，通常都用作基肥和种肥。其施用方法为：在播种前结合整地施入土中，或者与氮、磷、钾等化肥混合在一起均匀施入，施用量要根据作物和微肥种类而定，一般不宜过大。如对水稻，硫酸锌每亩施用1公斤，硼砂一般每亩用0.5公斤至1公斤，并要与厩肥等有机肥混合均匀基施，防止集中施用造成局部危害。
根外追肥将可溶性微肥配成一定浓度的水溶液，对作物茎叶进行喷施。这种方法的优点是避免土壤中肥料不均匀而造成的危害，同时也可以在作物的不同发育阶段，根据具体的需要进行多次喷施，以提高肥效。有条件的地区在大面积施用时可采用机械操作或飞机喷洒，一般喷洒浓度为0.01%至0.05%。
种子处理播种前用微量元素的水溶液浸泡种子或拌种，这是一种最经济有效的使用方法，可大大节省用肥量。如硼酸或硼砂的浸种液浓度为0.01%至0.03%。每500公斤种子仅用5升这种溶液。大豆用钼酸铵拌种，每亩只需要10克至20克。
