棚室蔬菜施肥的原则应根据蔬菜产量和土壤养分状况来确定施肥量，根据蔬菜的营养生理特点确定施肥期。蔬菜苗期需要养分不多，在旺盛生长和产量形成期需要养分较多。有机肥和磷肥一般在蔬菜播种和定植前做基肥施用。追肥的次数可根据蔬菜生育期长短确定，生育期短的蔬菜可在生长中期追肥1～2次，生育期长的蔬菜可在养分需要较多的时期追施3～4次，一般15～20天追肥1～2次。根据不同蔬菜和不同肥料确定施肥方法，磷肥易被土壤固定，应集中施用，条沟或穴施。氮、钾肥一般是开沟条施和穴施，生育后期也可随水浇施或叶面叶面喷施。
科学地施肥方法是提高肥料利用率，增加蔬菜产量的关键措施。其方法有：
一、增施有机肥料：最好是施用纤维素含量较多（即碳氮比高）的有机肥，可大大增强土壤的养分缓冲能力，防止盐类积聚，延缓土壤盐渍化过程。
二、加深土壤耕层：由于保护地土壤的盐类积聚呈表聚型，在蔬菜收获后，要进行深翻，把富含盐类的表土翻到下层，把相对含盐较少的下层土壤翻到上面，可以大大减轻盐害。
三、撤摸灌水洗盐：利用换茬空隙，撤膜淋雨溶盐或灌水洗盐。夏熟蔬菜收获后，揭去薄膜，在雨季如有数十天不盖膜，日晒雨淋，对消除土壤障碍很有效。或者在高温季节进行大水漫灌，地面盖膜使水温升高，这样不仅可以洗盐，而且可以杀灭病菌，有利下茬蔬菜的高产稳产。
四、基肥深施，追肥限量：用化肥作基肥时要深施，作追肥时尽量“少量多次”，最好将化肥与有机肥混合施于地面，然后翻耕。追肥一般很难深施，故应严格控制每次施肥量，宁可增加追肥次数，以满足蔬菜对养分的要求，不可一次施用过多，造成土壤溶液的浓度升高。
五、提倡根外追肥：植株主要依靠根部吸收养分，叶和茎也能直接从喷洒在表面的溶液中吸收养分。在保护地栽培中，由于根外追肥不会给土壤添“麻烦”，故应大量提倡。尿素、过磷酸钙以及磷酸二氢钾，还有一些微量元素，作为根外追肥都是很适宜的。
