大棚双孢菇越冬期菌丝处于极缓慢或停止生长的状态，有时虽有少量子实体产生，但生产上没有多大意义。可视菌层干湿程度采用干越冬和湿越冬两种方法进行管理。
干越冬是指大棚双孢菇在整个越冬期停水，使菇床通风干燥，等待翌年春季再催菇生产。
湿越冬是指秋菇生产结束后，床面停止用水，菇棚通风10-15天，让覆土基本干燥。然后在菌床上面打孔，并松动覆土层，使菌层呈蜂窝状，拣掉残根死菇，平整床面，补上覆土，调水至土层潮湿为止。调水结束盖上新鲜草木灰，每平方米用2-2.25公斤。在晴天、无风天气，应将菇棚南窗打开2-3小时，在阴天或天气寒冷时，每2-3天开一次窗，时间可以短些，以保持菇棚空气新鲜。待春节以后，每平方米床面用5%的石灰水上清液10公斤重调一次湿度，然后按上述办法通风换气，直至进入春季管理为止。
有条件的话，还是用湿越冬的方法比较好。
