生物有机肥料必须深施入土，防止阳光直接照射杀伤微生物。最好集中使用在作物根部，微生物在作物根系周围形成有益生态环境，促进作物生长。不宜与杀菌剂或其它农药混合使用，以免影响肥效。适宜施用的时间是清晨和傍晚或无雨阴天这样可以避免阳光中的紫外线将微生物杀死。
使用须知
1、仔细了解微生物菌剂的功能与使用条件，有针对性的使用菌剂。固氮菌只能用于具固氮能力的豆科、牧草等作物，且不同作物所适用的菌种不一样；磷细菌、硅酸盐细菌适用缓效态磷、钾含量丰富的土壤。2、生物有机肥料必须深施入土，防止阳光直接照射杀伤微生物。最好集中使用在作物根部，微生物在作物根系周围形成有益生态环境，促进作物生长。不宜与杀菌剂或其它农药混合使用，以免影响肥效。适宜施用的时间是清晨和傍晚或无雨阴天这样可以避免阳光中的紫外线将微生物杀死。
3、施用微生物肥料时要注意温、湿度的变化，在高温干旱条件下，微生物生存和繁殖会受到影响，不能充分发挥其作用。不能长期泡在水中，在水田里施用应干湿灌溉，促进微生物活动。以好气性微生物为主的产品，则尽量不要用在水田。严重干旱的土壤会影响微生物的生长繁殖，微生物肥料适合的土壤含水量为50%-70%。
4、微生物肥料可以单独施用，也可以与其他肥料混合施用。但微生物肥料应避免与未腐熟的农家肥混用。与未腐熟的有机肥混用，会因高温杀死微生物，影响肥效。同时也要注意避免与过酸过碱的肥料混合使用。
5、应避免与农药同时使用。化学农药都会不同程度地抑制微生物的生长和繁殖，甚至杀死微生物。不能用拌过杀虫剂、杀菌剂的工具装微生物肥料。微生物肥料不宜久放，拆包后要及时施用，一次用完，包装袋打开后，其他菌就可能侵入，使微生物菌群发生改变，影响其使用效果。
6、避免盲目施用微生物肥料。微生物肥料主要是提供有益的微生物群落，而不是以提供矿质营养养分为主，因此微生物肥料不可能完全代替常用肥料。
7、注意微生物肥料的肥效条件。微生物肥料肥效的发挥既受其自身因素的影响，如肥料中所含有效菌数、活性大小等质量因素；又受到外界其他因子的制约，如土壤水分、有机质、pH值等影响，因此微生物肥料从选择到应用都应注意合理性。
