土壤板结、土传病害频繁、病虫抗药性增加等成为当前果业生产中令人头疼的问题。为了应对新问题，果农将注意力转向了微生物肥料产品，但农户使用微生物肥料中过程中存在诸多误区，主要体现在观念和使用方法上：
误区一：认为见效快的就是好微生物产品。微生物在土壤中的生命活动，除了会分解难溶及被固定的元素，增加营养元素的供应量，利用自然界的物质转化为植物生长所必须的物质，促进作物产量提高外，还能产生植物生长刺激素和具有拮抗某些致病微生物的作用，可减轻作物土传病虫害的发生。
见效慢并不意味着菌剂及菌肥是没有效果的，能在较短时间内就可以看到作物长势明显改善的品种也未必是好的微生物肥料产品，其中也不乏一些添加了植物调节剂的产品。
误区二：市面上微生物产品种类混乱，农户分不清使用的是微生物菌剂还是菌肥，甚至有人拿普通有机肥冒充微生物菌肥。
误区三：认为产品中菌的种类越多，菌数量越大越好。菌衡量标准为“有效活菌数（CFU）”，数量不能代表全部，不但要看菌数量，还要看有效活菌的数量，使用后起作用的只有活菌，有益活菌数量越大效果会表现越好。影响产品使用效果的因素除了菌的种类及数量外，菌的纯度至关重要，当产品中霉菌杂菌数及杂菌率超标时也会影响应用。
误区四：一个季节使用一次就可以，一次使用作用可持续多年。微生物菌种施入土壤后会大量繁殖，当数量达到一定程度后就会成为优势菌群。有益菌群能否成为优势菌群关键在于土壤环境是否适合有益菌扩繁，如化肥的超量使用、杀菌剂的频繁使用、焖棚、高温等，都会导致有益菌死亡，从而影响有益菌群在土壤微生物系统中的地位。要确保有益菌群的优势地位，就需要在作物的生长期多次使用微生物肥料来补充有益菌和营造一个适合有益菌繁殖的环境。
误区五：不注重菌株的差异性，认为一种菌就具有同样的功能。少数用户在选购微生物肥料时只注重是不是含菌，而不关注菌的种类和菌株的来源。不同品种具有的功能不同，微生物肥料的作用会体现在六个方面：提供或活化养分功能；产生促进作物生长活性物质能力；促进有机物料腐熟功能；改善农产品品质功能；增强作物抗逆性功能；改良和修复土壤功能。要结合需求、菌种特点、菌种功能选用对症的产品。
（来源：现代果业）
