1.苗种退化
鱼苗苗种退化是行业内普遍认同的事情。繁殖亲本个体小、培育亲本不重视、鱼性成熟个体小型化、亲本没有跨区域交流、亲本产卵、产精能力下降、近亲繁殖、抗病力差、发病率高、成活率低、生长性能下降，这些都是苗种退化的常见表现。苗种退化后培育、运输、投放水体后成活率下降。
2.感染鳃霉引起死亡
鱼苗感染鳃霉而死亡，加上该病的隐蔽性，被诊断率不高，已经成为鱼苗投放后大量死亡的主要原因。在池塘中常见的表现是：放苗后10天～15天开始大量死亡，每天死亡数量可达到存量的10%以上，鱼苗累计死亡率可达存量的80%以上。
苗种繁殖期持续阴雨、水温偏低、光照弱等因素导致受精卵孵化时水温低，孵化时间长，孵化率低，鳃霉菌生存能力强等，使得苗种期鳃霉病高发，该病已对国内鱼苗产业带来严重打击。
临床诊断时有三个特征：①背鳍后、尾鳍前、鱼背部有白点，较大的苗种肉眼可见，白点可能是血液阻塞、血管畸形等原因引起。②鱼苗嘴巴常张开，喜欢靠近增氧气头、感觉鱼缺氧，但水体溶氧检测充足;凌晨1点~5点死亡多，早晨看到较多死鱼;鱼死亡前独游，多在水表面，跳跃或翻转几次急性死亡。③鱼卵孵化、脱膜困难、鱼苗死亡率高。尤其是第1个特征出现时，严重怀疑是鱼苗期鳃霉病。通过显微观察的方法确诊，因鱼苗期苗种比较小，鳃部发育不全，观察鳃霉需要耐心。
鳃霉病难以准确诊断的原因：①对此病没有足够的认识，认为此病发生率很少。②鳃霉病和水霉病分不清楚，认为高温期不会有鳃霉病。③教科书和鱼病图谱上描述不多，图片不多。④判断该病需要显微镜观察仔细。⑤现在很多鱼病诊断场所是显微镜连着电视，低倍物镜、低端摄像头搭配电视，造成电视显示失真，很多电视显示时红色和黑色颜色锐利度差，多只能显示黑白色，难以判断。此病确诊时不要使用电视设备，最好用肉眼通过目镜观察鳃丝颜色。
3.鱼苗寄生虫感染苗种期间多发的寄生虫有：车轮虫、斜管虫、波豆虫、隐鞭虫、指环虫、三代虫。
原虫类的车轮虫、斜管虫、波豆虫、隐鞭虫，多寄生于鳃丝，繁殖速度快，骚扰鱼苗，引起鱼苗不适，可导致鱼类死亡，多以显微镜镜检确诊。例如车轮虫数量多时，鳍、头部、体表有时出现一层白翳，在水中尤为明显;病鱼体表和鳃黏液增多，成群沿池边狂游，不摄食，呈跑马现象，可导致鱼类死亡。
吸虫类的指环虫、三代虫多寄生于鳃丝，繁殖速度相对原虫慢，但单条的危害大，可大量吸血，以显微镜镜检确诊。常导致鱼苗瘦弱，多器官衰竭死亡。
出苗运输前抽样镜检，发现有寄生虫，及时杀灭，可大幅提高鱼苗投放水体后的成活率。
4.鱼苗细菌感染苗种期间多发的病有：细菌性烂鳃病、肠炎病、白头白嘴病、烂身病等。
这些多为鱼苗受伤后引起的细菌感染，可能是孵化过程中碰到硬物、操作过程中受伤引起，发现这些细菌病要及时治疗，并且要治愈后观察2天后才能投放下塘。
5.鱼苗病毒感染水产动物病毒很多可以垂直感染，苗种从亲本感染病毒。由于从亲本到子代的病毒传染净化措施缺失，苗种大量带毒;环境中也大量存在着“野毒”，难以获得无特定病毒的亲本。鱼苗携带的常见病毒：草鱼出血病病毒、锦鲤疱疹病毒、传染性肝肾坏死病毒(鳜鱼)、斑点叉尾病毒等。
随着病毒对环境的适应，毒力的增强，鱼体质变差，常发现3厘米以下的苗种发病毒病，传统的教科书上很多病毒病是3厘米以下鱼苗不会发病，但病毒的能力超过了以往教科书的估计。
因为环境带毒、亲本带毒，对于鱼苗进行是否带病毒检测显得没有必要，带病毒不一定会发病，要让鱼带毒生存。
6.孵化时提前脱膜的苗由于亲本培育差、提前催产、卵膜薄、孵化时水体溶氧变化、水体酸碱度变化等原因引起受精卵提前脱膜，鱼苗从膜内提前接触到孵化容器中的水，鱼苗器官发育不全、体质差，导致投放后容易死亡。由于孵化过程中有不完善的地方，这些鱼苗会突然绝食，尤其是肉食性鱼类的苗种更加明显，导致大量死亡。
二、环境原因内容
1.南苗北运南方的鱼苗北运成为趋势。广东等南方地区因水温高、降雨多、水源充沛、可提前1个月繁殖苗种、鱼苗繁殖配套好等因素，使得广东繁殖的鲫、鲤、加州鲈、鳜等品种水花和2厘米左右的苗种空运到四川、江苏等北方省市，在当地温室里培育1个月，再销售给养殖户，这种模式得到极大的发展。但大范围的地域跨度，两地的病原，环境差异巨大，鱼苗适应环境成本巨大、耗费大量的体能来适应环境，容易导致放苗成活率不高，鱼苗死亡。
2.水质差异苗种培育池和投放水体的水质差异大，温度、溶解氧、pH、硬度、氨氮、亚硝酸盐、硫化氢、有毒物质等有差异，这些指标中有些容易检测，有些检测难度大或成本高。建议：两地水环境温度差距不超过2℃，溶解氧差距不超过1.5毫克/升，pH差距不超过0.5、硬度差距不超过3%比较适宜。硬度指标以前提得很少，硬度变化大时，鱼苗需要消耗很多的能量去抗拒硬度变化。有毒物质只能根据当地的经验积累而得，了解当地使用过什么农药、农作物重金属超标而得。
3.不当运输鱼苗被提前运输：鱼苗刚出眼点，甚至是嫩口鱼苗，就被提前运输，导致鱼苗受伤，投放后死亡。鱼苗运输前没有做好“困箱”、排便等工作。鱼苗运输前，应该进行几次拉网锻炼，促进排便，控制黏液分泌，降低应激等。如没有做好吊水、“困箱”工作，鱼苗应激严重、运输容器中大量分泌黏液、排便，运输、投放成活率大大降低。在运输过程中产生的氨氮、溶氧的消耗、水温变化、细菌和黏液引起的“发烧”是影响运输成活率的一些原因。长时间、高密度的运输，氨氮含量高，进入鱼苗血液、鱼脑中，引起鱼苗昏迷或半昏迷，从而易引起鱼苗死亡。运输过程中动作幅度大，没有合理安排运输路径、加水时间、观察次数。
4.天气变化天气多变，建议晴天投放苗种，不建议阴雨天，尤其是正在下雨的时候投放苗种。阴雨天常风大，鱼苗喜欢顶水，消耗体力;且雨直接淋到鱼苗，容易引起感冒。在黄鳝等鱼上表现特别明显，阴雨天下的鳝苗容易“感冒”，引起死亡。
5.没有及时对鱼苗消毒培养好的适宜水色，水体的能量代谢、物质循环和信息流动适宜于鱼苗，避免有害物质或不良环境引起鱼苗死亡。培育适口的饵料，鱼苗入塘后，需要补充大量的能量，摄食适口饵料可快速提高鱼苗体质。饵料不适口，则鱼类摄食艰难；饵料培养不当，则培养的浮游动物可能超过鱼苗所能摄食的量，甚至会培养出鱼苗的敌害生物并捕食鱼苗。
6.敌害生物鱼苗入塘后，会面对多种敌害生物。不同的发育阶段面对的敌害生物有差异，可能会有来自“海陆空”的敌害生物危害鱼苗。不同种鱼类、同种鱼类的大个体有可能成为敌害生物。
7.清塘用的产品有残留养殖水体清塘时，使用的产品剂量比较大、有些物质对鱼类毒性大、水温低清塘剂代谢慢、某些品种的鱼对特殊的清塘产品特异性敏感、鱼苗个体小致死浓度低等原因容易导致鱼苗投放后死亡，表现急性死亡、打转后死亡或鱼苗投放后畸形多、头部出血引起死亡。
8.气体过饱和鱼苗喜欢闪亮的东西，会吞气泡；鱼苗个体小，活动能力弱，身体有气泡黏附难以摆脱，体内有气泡难以排出；氧气、氮气或其他气体过饱和后，加上风平浪静，鱼苗容易得气泡病，引起鱼苗死亡。
