目前水产养殖的病害种类多达200种，淡水养殖发病率在10％以上，海水养殖发病率更高，特别是对虾养殖，发病率超过
60％。同时，病害防治的手段和使用的药物更是五花八门。据统计，当前水产养殖中，使用的药品已达300余种，实际上几乎所有人用和兽用的抗菌药品都在养殖中使用，有的甚至使用氯霉素类、孔雀石绿、呋喃类等国内外已禁止使用的抗菌药品。从亲体暂养开始，使用各种抗菌药和消毒剂已成为育苗和养成的必要程序，药物在生物体内大量积累，严重威胁消费者的健康，并使病菌产生耐药性，又加大了病害防治的难度。为此，有关部门主动与国际标准接轨，制定了新的禁用药目录和水产品药残标准，然而却并未引起人们像对待其它食品安全那样的广泛关注。
如何科学合理的在水产养殖中使用药物，专家建议从以下几点入手。
一、注意用药的及时性和准确性。首先要对池塘的生态条件、水质情况、鱼体状况和药物的作用，有充分的了解，然后进行综合分析，得出正确的治疗方案和用药方法，避免乱用鱼药，切不能身边有什么药，就用什么药，图省事方便。对于已发病的池塘，弄清原因后，应及时用药，切莫拖延时间。只有在早期病鱼虽食欲下降，但还能摄食药饵的情况下，药物才会发挥治疗作用，再加上外用药物对池塘的消毒作用，疾病才能被控制。
二、在综合治疗时注意药物的拮抗性和协助性。水产养殖中，绝大多数的外用药多少都会受到水质影响。在多种药物综合治疗时，互相之间影响尤为明显。如常用的生石灰，它不仅与硫酸铜、漂白粉和富氯有拮抗作用，而且也受水中磷或氨氮的影响，同样磷或氨氮也受生石灰作用而影响肥效，因此在生产使用时应错开5－7天左右时间。
三、注意用药的可靠性和安全性。目前水产药物的生产管理还不完善，对所生产的水产药物在检测可靠性手段方面也不先进，然而水产新药品种递增速度却很惊人。对诸多的新药，用户使用前，如条件允许，先做一下药物试验是很必要的，通过试验，就可防止劣质药物直接用于生产所造成的危害。对那些剂量要求很严格的药物，如漂白粉，在生产使用时，只要误差百万分之一的浓度，就可引起死鱼现象，应引起足够的重视。
