1.根据所要消毒的微生物选择消毒剂，如要杀灭细菌芽孢或无囊膜病毒，必须选用高效消毒剂（过氧乙酸、火碱、醛类、碘伏、有机氯制剂、复方季铵盐消毒剂等）。
2.消毒药不能随意混合使用，酚类、醛类、氯制剂等不宜与碱性消毒剂混合，阳离子表面活性剂（新洁尔灭等）不宜与阴离子表面活性剂（肥皂等）混合。
3.要有足够的消毒剂量，消毒剂量是杀灭微生物的基本条件，它包括消毒强度和消毒时间两个方面，化学消毒剂的消毒强度指消毒剂浓度，增加浓度相应提高消毒速度，消毒作用加强，但浓度也不宜过高，过高的浓度往往对消毒对象不利，有的还有腐蚀性、刺激性，同时盲目增加浓度反而造成不必要的浪费。另外减少消毒时间会降低消毒效果，但浓度降低至一定程度，即使再延长消毒时间也达不到消毒目的。如果污染的微生物数量较多，如严重污染的物品、场地，应先进行卫生清洁工作，并适当加大消毒剂的用量和延长消毒时间。
4.温度和湿度，通常温度升高消毒速度会加快，增加药物渗透力，显著提高消毒效果。许多消毒剂在温度低时反应速度缓慢，甚至不能发挥消毒作用，如福尔马林在室温20度以上消毒效果非常好，在室温15度以下消毒效果不好。湿度对熏蒸消毒的影响较大，甲醛、过氧乙酸熏蒸消毒时湿度要求在60%-80%，另外大部分消毒剂在干燥后就失去消毒作用，溶液型消毒剂在用液中才能有效的发挥作用。
5.酸碱度，病原微生物适宜生长PH值在6-8之间，过高或过低的PH值有利于杀灭病原微生物，另外PH值影响很多消毒剂的消毒效果，如酚类、氯制剂、碘制剂等在酸性条件下杀菌力强，新洁尔灭等在碱性条件下杀菌力强。
6.有机物质的存在，在消毒环境中常有畜禽分泌物、粪便、脓液、饲料残渣等各种有机物，会严重消耗消毒剂，降低消毒效果。原因主要是：有机物覆盖在病菌表面，妨碍消毒剂与病菌直接接触而延迟消毒反应；部分有机物可与消毒剂发生反应生成溶解度更低或杀菌能力更弱的物质，甚至产生的不溶性物质反过来与其它组分一起对病原微生物起到机械保护作用；消毒剂被有机物所消耗降低了对病原微生物的作用浓度。氯制剂、单纯季铵盐类、过氧化物类等消毒作用明显受有机物影响、碘伏类消毒剂则受有机物影响就比较小些。
