脂类是能量和生长发育所需的必需脂肪酸的主要来源，并能促进脂溶性维生素的吸收，可起到节约蛋白质用于能量支付的作用。必需脂肪酸是合成前列腺素、磷脂的成分。在鳗鱼视网膜中发现有大量的高度不饱和脂肪酸起着调节视神经的作用。鳗鱼缺乏必需脂肪酸时，鳍腐烂，机体干燥无光泽、体色变淡，生长减缓，饲料效率降低，死亡率增加。脂肪过多，导致可消化能/粗蛋白比例不平衡，产生脂肪在机体的过度沉积。
不饱和脂肪酸的自动氧化能产生大量的化学物质，如自由基、过氧化物、氢过氧化物、醛和酮等，这些物质对鳗鱼有毒，并可和饲料中的其它营养成分发生反应而降低其营养价值。若饲料中含有氧化脂肪，其酸败味会使鳗鱼厌食，一旦食入，鳗鱼通常会发生背肌萎缩、肝脏变黄褐色，死亡率升高。因此在饲料脂肪中要注意添加抗氧化剂。鳗鱼饲料中鱼粉含量占60%～65%，而鱼粉中不饱和脂肪酸的含量较高，贮存不当或放置时间过久，很容易引起脂肪氧化酸败，配制饲料时要注意选择新鲜鱼粉，可用酸价(AV)和过氧化物价(POV)来衡量鱼粉中游离脂肪酸的数量和脂肪的氧化程度，一般鲜度好的鱼粉AV≤20，POV不超过10、最好小于5。
