今天和大家分享一篇文章：孔雀石绿处理后斑马鱼鱼卵的转录组分析，文章引用信息如下（DOI：10.1016/j.aquaculture.2019.734500）：
孔雀石绿是一种三苯甲烷染料，在水产养殖中，孔雀石绿曾经被广泛用于淡水鱼养殖业，以预防和治疗体外寄生虫和真菌感染。前期研究报道了孔雀石绿的毒性效应，但很少有研究探讨孔雀石绿的毒性机理。本文以斑马鱼为研究对象，从转录组水平分析了孔雀石绿对斑马鱼鱼卵的影响，借此探讨孔雀石绿对水生生物的毒性机理。结果如下：
illumina测序与质量评价
孔雀石绿处理组和空白对照组构建了六个cDNA文库，总共获得了257,730,582bp数据，选取Q30百分比高于91.17％的一组用于后续分析。
与参考基因组的比较分析
对照组和孔雀石绿处理组之间的数据比对结果显示：可比对到基因组和未比对到基因组的reads具有显着差异（p<0.05），这表明孔雀石绿可能已经诱导了卵的遗传毒性。
DEG分析
与对照组相比，经孔雀石绿处理组结果显示：共发现2436个DEGs，其中1376个DEGs显著上调，1060个DEGs显著下调。DEGs被注释到322条已知的kegg通路。然而，只有氨基酰tRNA生物合成通路显著富集。
变异分析
变异分析显示两组间的indel数（核苷酸的插入和删除）无显著性差异（p＞0.05）。实验组与对照组的单核苷酸多态性数（snps）和总变异数（snp+indel）有显著差异（p<0.05）。表明孔雀石绿导致基因变异。
利用qRT-PCR进行DEG验证
qRT-PCR分析基因的表达水平与RNA-Seq的结果一致。表明RNA-Seq结果总体上是可靠的；然而，还需要进一步的研究来明确其毒性机理。
总结：
本研究从转录组水平探讨了孔雀石绿对斑马鱼鱼卵的影响。在与参考基因组的比较分析说明孔雀石绿对鱼卵具有遗传毒性作用。通过DEG分析确定孔雀石绿影响了斑马鱼鱼卵基因的表达。变异分析结果表明孔雀石绿通过snp变异导致基因变异。
