鳗病的生态防治就是通过一定的措施，使池塘的生态系统保持平衡状态，为鳗鲡的摄食生长创造一个有利的小环境，增强其抵抗疾病的能力，以达到防治的目的。当外界环境剧变引起生态系统失衡时，用人为的方法，使失去的平衡迅速逆转，恢复到原来的平衡状态。
目前，鳗鲡养殖生产上通常使用的生态防治方法措施有：换水、过池、停食、调节水温、改善池塘微生物及浮游生物种群结构、调节放养密度等。现分述于下：
1．换水
换水有两种作用，一是稀释水中有毒的代谢产物；二是减少病原体在水中的密度，使之危害性减少，并补充溶解氧，改善水体环境，增强鳗鲡的抗病力。
2．过池
是在鳗鲡流行疾病、池水污染严重、用药困难或产生抗药性时，将鳗鲡捕捞后进行药浴处理，再转入预先消毒、培养好水质的鱼池中饲养。过池是鳗鲡养殖过程中出现久病难治的情况下采取的措施，因此，应特别注意对使用过的工具进行彻底消毒处理。
3．停食
停食可使鳗鲡处于饥饿状态，对患有细菌性内脏病的鳗鲡康复较为有效。
4．调节水温
调节养鳗池水温有两方面的作用，一方面通过升高水温，使一些喜低温的病原体生长繁殖受到抑制，数量急剧减少，从而减少鳗鲡感染疾病机会。很多鞭毛类及纤毛类原生动物寄生虫最适生长水温在20℃左右，水温升高会抑制这些寄生虫的繁殖，如鳗鲡红点病病原体败血极毛杆菌在28～30℃时就不能繁殖。另一方面，通过调节水温使鳗鲡有一个最佳生长、摄食环境，提高其体质及抗病能力。鳗鲡的最佳生长、摄食水温是26～28℃。在炎热的夏天，提高池塘水位，可使池塘底部水温相对降低，减少鳗鲡由于水温过高而产生应激性反应。
5．改善池塘生物种群结构
目前生产上用人为方法来改善池塘生物种群结构，以达到防病治病的目的。主要有以下几种方法：
①加入有益生物。在水泥结构的养鳗池中加入光合细菌，能利用水中的二氧化碳、氨、硫化氢、硝酸盐、亚硝酸盐等简单化合物进行光合作用，促进有害物质的转化，限制病原体的繁殖；加入微囊藻能使水质稳定，增加水中氧气含量，从而有利于鱼池物质循环，抑制病原体的繁殖。
②在土池养鳗的池塘定向培育或加入绿藻，可使池水氧气含量更加均匀，可避免因蓝藻老化形成水华及藻体死亡后发酵生成有害物质，影响鳗鲡摄食生长，而降低其抗病能力。
③混养鳙、鲢鱼，控制水蚤及轮虫过量繁殖，避免放养太密，导致水质恶化，使鳗鲡发病。
④避免池水环境因子剧烈变化（如大雨后用石灰调节pH值）。
