细菌的鉴定，主要有常规细菌学检测和现代鉴定技术两方面。
其中，常规细菌学检测包括形态特征，培养特性已经生理生化特征的检测。细菌的生理生化试验是细菌鉴定中经典且实用的方法，主要包括碳水化合物的代谢试验，蛋白质及氨基酸的代谢试验，碳源和氮源利用试验，酶类及其他试验等几个方面。
现代鉴定技术，主要有API鉴定系统，VITEK系统和Biology（MicroStation）自动微生物鉴定技术等三大系统。本文将对这三大系统进行一个简单的介绍。
API鉴定技术
原理：API鉴定系统的主要部分是API试剂条及检索工具，试验是由20个含干燥底物的小管所组成，这些小管用细菌悬浮液接种，培养一段时间后，通过细菌的代谢作用，管内培养物产生颜色的变化，然后根据说明表判读反应，并参照分析图索引或APILABPLUS软件得到鉴定结果。
在API鉴定系统中有15个鉴定系列，20余个品种，分别应用于不同的细菌。
结果观察：各类API试剂条均由多个生化反应组成，将生化反应谱转化成数码，使用生化反应检索手册或API电脑分析软件进行检索，确定生化反应谱对应的是什么细菌。
VITEK系统
原理：VITEK自动化微生物分析仪由填充机，封口机，读取器，恒温器，电脑主机及打印机组成，充填机，封口机3min内把样本注入试验卡中及封口，读取器，恒温箱自动恒定温度并同时读取卡内生化反应变化，电脑主机负责分析资料的储存，系统操作及分析程式的运作。
仪器把30个对细菌鉴定必需的生化反应培养基固定到卡片上，然后通过培养后仪器对显色反应进行判断，利用数值法进行判定。根据需要鉴定的微生物种类的不同，设计了不同的鉴定卡片，比如革兰氏阴性菌卡，革兰氏阳性菌卡，酵母菌卡等。VITEK鉴定系统还可以利用其专用药敏卡，在菌株鉴定的同时检测药物敏感性。
Biology（MicroStation）自动微生物鉴定技术
原理：通过在一块鉴定板上使用95种碳源进行试验，微生物利用碳源进行呼吸时，会将四唑类氧化还原染色剂，从无色还原成紫色，从而在微生物的鉴定板上形成该生物特征性的反应模式或“指纹”，通过读数仪来读取颜色变化。
由于对光密度的吸收值的差异，计算机通过概率最大模拟法，将该反应模式或“指纹”与数据库相比较，将目标微生物与数据库的相关菌的特征数据进行比对，对分析的微生物进行最大限度的匹配，可以瞬间得到鉴定结果，确定所分析的微生物的属名或种名。
