长吻鮠为无鳞鱼，对药物较敏感。在网箱养殖过程中坚持“无病先防，有病早治、防治结合”的方针。具体方法：
1．饲料台挂袋消毒：用编织小袋每袋装150～250克的漂白粉悬挂于饲料台上方，每箱一袋，药溶解完再添加。
2．定期泼洒生石灰：每隔半月进行一次环境消毒，即用25～30毫克/升浓度的生石灰兑水趁热泼洒于网箱四周，每次连续2～3天。
网箱养殖的长吻鮠一般很少发病，但有时也会患水霉病、肠炎病和鱼鲺病。
水霉病：病鱼用0.4‰的小苏打和食盐溶液浸泡20～30分钟。
肠炎发病的症状为：肛门红肿，腹部膨大，严重时有黄水溢出，解剖可见肠道、肝脏充血，治疗方法为：网箱水体用15～20毫克/升的生石灰或1毫克/升的漂白粉进行泼洒，同时在饲料中添加氟哌酸1毫克/千克，每天一次，连续三天。
鱼鲺病的治疗方法为：敌百虫0.4毫克/升全箱泼洒，连用2天。长吻鮠对敌百虫较敏感，使用浓度不可过高。
