全世界现有农药近l000种，年产量近300万吨，农药在水产动物体内不断蓄积，引起中毒、畸变、繁殖衰退及死亡等。鱼类对有机磷农药如对硫磷比六六六等有机氯农药更敏感，毒害作用更明显，可引起鱼类骨骼系统发生畸形；如鲢鱼种在1.62毫克/升马拉硫磷废水中，第八天鱼体呈弯曲状，中毒症状由兴奋、阵发性上蹿下游，转为呼吸缓慢，呈昏厥假死状，刺激后腹部朝上急剧成螺旋式游动，鱼体渐变黑、弯曲；对硫磷对鱼更为敏感，在0.094毫克/升浓度中，鲤3天后出现弯体，中毒症状为散群、不活跃、游动缓慢。不同大小的鱼对有机磷农药的敏感性是不同的，如在同一污水中，全长0.8-3.8厘米的鲫，2.26％个体发生畸形；全长5-11厘米的鲫，13％个体发生畸形；全长10-17.5厘米的鲫，40％个体发生畸形。有机磷农药引起鱼类骨骼畸变和死亡的原因，是由于鱼脑中胆碱酯酶的活力被有机磷所抑制，如胆碱酯酶的活力被抑制达70％以上时，鱼就难以生存。敌百虫0.9毫克/升，不仅对鱼的胚胎有致畸性，且对已孵出的鱼苗也具催畸作用。对硫磷还破坏鱼的生殖机能。有机磷、有机汞农药均能破坏鱼类神经系统的正常生理机能，抑制神经能量的传递而封锁离子的输送。涕涕替、1605等农药能使鱼、虾的神经细胞发生肿胀，细胞内尼氏小球分解和凝聚。虾、蟹对有机磷农药更为敏感，0.18毫克/升效磷，开始狂游，24小时机体卷曲，运动失调，四肢痉挛，肝胰脏细胞的内浆网、线粒体瓦解而死。
有机氯农药如六六六，对鱼类和其他水生动、植物的直接毒害作用虽然没有有机磷农药明显，但它比有机磷农药稳定，可在各种生物体内蓄积，且有致癌作用，因此往往造成严重隐患，对于这种隐藏的危害应予以高度重视。鱼通过鳃很容易吸收水中的涕涕替，而在各组织中蓄积，5毫克/升涕涕替残留量能使淡水鱼的鱼苗、鱼种完全不能发育。涕涕替可引起湖鳟鱼种的食道及鳔被空气膨胀；引起银大麻哈鱼肾变性，细管末端有沉淀；引起河鳟肝细胞的核肥大，细胞质液泡化，肾细管上皮变性，食道黏膜下层液泡化，上皮变性，肾上腺皮质坏死；引起鳗鲡的三磷酸腺苷酶抑制。
鱼类胚胎畸变的原因可由于亲鱼接触毒物，通过母体的血液循环传递至生殖腺，如六六六、汞等就极易于母体的生殖腺内蓄积；另一为由于受精卵直接接触外来毒物，尤其以胚胎的早期发育阶段为甚。
