以下的各种方法具有预防日本鳗鳃肾炎的发生。
1、夏季发生的疾病一直到停饵都要积极治疗，10月中旬要内服土霉素、氟苯尼考等抗菌素。
2、投给维生素、微量营养充分的饵料，11~12月份充分添加维生素或营养成分，使耐受长期过冬生活营养需要，添加复合维生素和VE较好。
3、尽量推迟停饵时间，以减少越冬期间的体力消耗，水温低时不要投饵过多，1~2天投一次即可。
4、定期补加新水，以防水质变化。
5、为防水霉病而泼洒防水霉的药，水霉附在鳃上容易引起鳃肾炎的发生。
6、从严冬期到早春应避免拉网、换池，因水温低时鳗鱼体弱，受损后容易得水霉病。
7、过冬前洒少量食盐，在没有发病时就使池水的盐度达到0.5~1‰，使疾病难发生。
