鱼儿离不开水，水产动物是一生或某一个特定阶段生活在水中的动物，即使像蛙类这样的两栖动物和鳖这样的爬行动物，虽然可以营肺呼吸，到陆地上来活动，但是它们毕竟都离不开水，没有水的地方，不仅没有鱼、虾、蟹、贝这些完全水生的动物，也不会有蛙和鳖，所以我们讲改善和保持优良的生态环境，指的就是改善和保持优良的水环境。水环境的好坏是决定水产动物能否健康、快速生长和正常繁殖的根本条件，是做好预防工作的首要条件。为了做到这一点，就必须做好以下几方面的工作。
(一)设计和建筑养殖场时应符合防病要求及环保要求
(1)在选择养殖场场地时，首先应全面调查当地的水文、土质、水源质量、气象、生物和社会条件等各方面的情况。场址必须选择在有充足水量、优良水质(最好是流动的河道、湖泊、水库旁)、而且要附近没有污染源、在洪水季节不受淹没、在枯水季节不会断绝水源、土壤中不含重金属等有害物质、pH适宜的地方。
(2)在设计养殖场时，应考虑水的循环利用，发展封闭和循环水养殖，逐步取代过去大排大灌、污染环境、引起疾病到处大流行的养殖方式；更不能是进、排水管道不分，甚至几只池塘串联起来进排水，因这样一旦发生疾病就必然互相传播、交叉感染，无法隔离。
(3)养殖场的布局要合理，要加强宏观管理，实施养殖许可证制度。
(二)采用生物方法改善生态环境
1.水产动、植物合理搭配混养，起到综合利用、优化生态环境的作用如在成蟹饲养池中，要养好蟹第一必须先种好水草，种草有五大好处：①水草可供蟹食用，为蟹提供多种维生素和矿物质等营养物质；②水草可作为河蟹蜕壳的隐蔽场所，使蟹能安全蜕壳；③水草能吸收水中及泥中的肥料，变废为宝，减轻池底及池水的富营养化，更有利于河蟹生长；④在盛夏时，水草还能起遮荫、降温的作用；⑤水草在白天营光合作用，可以增加水中的溶氧。
第二应混养少量鲢、鳙夏花及螺蛳，以清除池底及水中的残饲、过多的浮游生物；螺蛳还是蟹的饲料。但要注意混养鲢、鳙夏花的数量应以能清除残饲及过多的浮游生物为宜，绝对不能过多，也不能放大的鲢、鳙，因大的鲢、鳙在河蟹蜕壳时也会吞食河蟹；更不能放草食性、肉食性的鱼类，否则水草就长不起来，蜕壳蟹就喂鱼了，蟹的饲料也将被鱼大量抢食；杂食性鱼类也不能放，它们也要与蟹争食。
2.微生物在改善水质、保护环境方面的应用可用于改善水质、保护环境的微生物种类很多，其中光合细菌是微生物在水产养殖中应用最成功的范例，它可显著降低水体中的氨氮、亚硝态氮、硫化氢等有害物质，减少污染增加水体溶氧量，减少有机耗氧量，并能减少换水量和频度，甚至不需换水，同时也显著提高了养殖水体的能量转换率等，对养殖水体的持续利用有着重要意义。李勤生等(2000)报道，在养殖水体中施放光合细菌与未施用光合细菌的对比结果，添加光合细菌试验组的总铵氮、亚硝态氮、磷酸盐、总溶解碳、生物耗氧量、化学耗氧量都大大下降，而对照组则非但未降，反而都增加，水中溶解氧则试验组增加，对照组相反下降，差别非常明显。在实验室条件下对试验水体中总铵和亚硝酸盐的逐日检测的动态，凡加光合细菌处理的水体总铵氮、亚硝态氮逐日下降，至96小时去除率分别达到56.8％和100％；而对照组则不仅未下降，反而分别上升了58.51％和221.74％。
应用光合细菌后不仅可改善水质，且可提高孵化率，如在青鱼、草鱼、鲢、鳙、鳊、金鱼等的受精卵孵化过程中，每立方米水体加20毫升光合细菌，可提高孵化率20％左右。
中国科学院水生生物研究所李勤生研究员等，在农业部“八五”重点科研项目成果的基础上，通过大量有益微生物的优选、组装而形成的以不同光合细菌为主体的两大系列产品，分别适用于淡水、半咸水、海水养殖对象和环境，申请了国家专利号ZL96116274.2，并转化为微生物产品，分别由广东省惠州惠山水生生物制品有限公司生产的“养殖保”系列及由武汉多福科技股份有限公司生产的“多福可乐”系列。产品具有有效细菌数量高(≥109个/毫升)、覆盖水域宽、应用对象广泛、适应性能强、保存方便、有效期长等优势、且未发现任何毒副作用。现已广泛应用于鱼、虾、鳖、蚌、贝类等育苗和养殖过程中，并取得了较好效果。如罗氏沼虾育苗提高幼体成活率115％-125％，仔虾成活率提高24％，养成虾增产21.5％，饲料系数显著下降；且可促进饲料生物增殖，如添加0.1％-0.2％，可提高水蚤增殖率10余倍；用稀释500倍本制剂浸种，可提高渔用青饲料苏丹草种子萌发率1倍左右，种植产量也有显著提高。
在净化水质方面，除光合细菌外，还有芽孢杆菌类、自养和异养硝化细菌等。芽孢杆菌具有多种酶活力，在蛋白质和碳水化合物等大分：产的降解中有很重要的作用。它们在各种水中广泛分布，在好氧和厌氧环境中均能发挥其分解大分子、转化有害物质的作用，将硝酸经过亚硝酸转化后以分子氮形式回到大气中去。已知假单胞菌、无色杆菌、芽孢杆菌等属细菌和某些放线菌、真菌的种类具有这种功能。EM是有效微生物的英文缩写，包括10个属80多种不同的微生物，分别属于光合细菌、放线菌类、乳酸菌类和酵母菌。这些微生物各具不同的生理特性，使之相互协同，形成一个复杂和相对稳定的功能群体。在甲鱼养殖中，每千克水中加10毫克EM制剂，饲料加工后以0.1％量稀释液喷洒，结果试验池水中硫化氢浓度为0.4毫克/升，对照池为0.6毫克/升；氨氮试验池为80毫克/升，对照池为120毫克/升；养殖池中换水时间比不加EM时平均延长2.5倍，由原来的5-7天换水1次，延长至12-18天，最长的达36天；甲鱼体重也增加24％。玉垒菌是一种放线菌，其分解有机物的能力比一般微生物强40-60倍，故也常用于水质净化，与复合光合细菌制剂配合应用，效果就更好。
(三)采用物理、化学方法改善生态环境
(1)清除池底过多淤泥，或排干池水后池底进行翻晒、冰冻。淤泥不仅是病原体的滋生和贮存场所，而且淤泥在分解时要消耗大量氧，在夏季容易引起泛池；在缺氧的情况下，产生大量还原物质(如有机酸、氨、硫化氢等)，使水的pH下降，氨和硫化氢对水产动物都很毒。
(2)水经过沉淀、过滤、絮凝、曝气，排除水中的泥沙、敌害生物、病原体、有害气体及过多的气体等。
(3)在主要生长季节，晴天的中午开动增氧机，充分利用氧盈，降低氧债，改变溶氧分布的不均匀，改善池水溶氧状况。
(4)在主要生长季节，晴天的中午，用水质改良机吸出一部分塘泥，以减少水中耗氧因子；或将塘泥喷到空气中后再洒落在水的表层，每次翻动面积不超过池塘面积的一半，以改善池塘溶氧，提高池塘生产力，形成新的食物团，供滤食性动物利用，提高池水透明度。
(5)用高压紫外线管消毒器消毒池水。
(6)定期遍洒生石灰(水的pH偏低时)或碳酸氢钠(水的pH偏高时)，调节水的pH适于水产动物生长。前者还有提高淤泥肥效、增加水中含钙量、改善水质的作用。
(7)泼洒水质改良剂、底质改良剂，改善水质、底质。
(8)泼洒增氧药物，增加水中溶氧。
王武等(1998)提出微流水生态育苗，采用“生物包”技术对育苗用水进行处理。“生物包”是一种人为构建的、以微生物和植物为净化基础，物理净化、化学净化相结合的高效环境(水环境和空气环境)处理系统。“生物包”包括水处理和空气净化两个系统。空气净化系统通过开窗与温室相连。水处理系统通过循环水和温室育苗池相连。温室所产生的有机物、氨氮、二氧化碳等通过微流水和空气对流进入“生物包”，一部分供植物直接吸收利用，另一部分被分解降解产生大量营养盐类，植物通过光合作用，吸收大量营养盐类和二氧化碳，放出氧气，使空气得到净化，有机污水被水处理系统净化。经“生物包”处理后，溶氧高的净化热水和氧气含量高的热空气又可以再次进入温室。这样，“生物包”和育苗温室既相互独立，以满足动物和植物对环境的不同要求；又通过循环微流水和温室窗户相互联系，互惠互利，从而避免了单独由育苗温室所构成的生态系统的不平衡。采用微流水生态育苗后，可以基本不换水，不污染周围水域，育苗池水中氨氮含量还比大量换水的传统育苗法降低一半左右；河蟹幼体的变态率(大眼幼体2日龄)为65.9％，而传统法育苗只有25％。每平方米的存苗量，生态法育苗的由第一期潘状幼体的6.7万只，到2日龄大眼幼体时为3.1万只，体质健壮；而传统法育苗的则由7.1万只降为0.1万只，体质差，差异非常显著。
