一、使用光合细菌的注意事项
1、光合细菌中的活菌形态微细、比重小，若采用直接泼洒养殖水体的法，起活菌不易降到池塘底部，无法起到良好的改善底环境的效果，因此建议全池泼洒光合细菌时，可以和颗粒型改底制剂合用，这样既能将活菌迅速沉降部，同时颗粒型底改制剂可以起到改良池塘底部环境吸附有害元素，并可以起到降低亚硝酸盐、氨氮、硫化氢等有害物质危害的作用。
2、适时使用，使用光合细菌的适宜水温为15℃~40℃，最适宜水温为26℃~36℃，因而宜掌握在水温20℃以上时使用。注意阴雨天勿用。
3、与有机肥或无机肥混合使用光合细菌效果明显，并可以防止藻类老化造成水质变坏。
4、视水质情况决定使用方法，水体肥沃时使用光合细菌可促进有机污染物的转化，避免有害物质的累积，改善水体环境和培养天然饵料，保证水体氧；水瘦时应首先施用生物有机肥再使用光合细菌，这样有利于保持菌种在水体中的活力和繁殖优势，降低使用成本。此外，酸性水体不利于光合细菌菌种的生长，应先施用石灰，间隔3~4天，调节pH值后再使用光合细菌。
5、避免与消毒杀菌剂混合使用，因为作为活菌，药物对它有杀灭作用，水体使用消毒后需经过5天以后方可使用。使用光合细菌能在水体中产生优势竞争性，抑制有害菌生长。
二、使用硝化细菌的注意事项
1、由于硝化细菌的生物特性与其它活菌不同，使用时不需要经过活化理，不需要用葡萄糖、红糖等来扩大培养，反之则会使硝化细菌失活，因此使用时只需简单的用池水溶解泼洒即可。
2、硝化细菌的特性是繁殖速度慢，20多小时才能繁殖一代，不像芽孢杆菌2分钟繁殖一代，所以投放硝化细菌后，一般4-5天后才可见效，因此提前投放应是解决这个矛盾的好方法，同时为了更好地提高硝化细菌作用效率，在实际应用中若芽孢杆菌或光合细菌与其应用的话，硝化细菌应提前数日使用，避免繁殖速度快的活菌竞争空间。
3、硝化细菌不可以与化学增氧剂如过碳酸钠或过氧化钙同用，因为这些物质在水体中分解出的氧化性较强的氧原子，会杀死硝化细菌，所以最好错开一天后使用。
4、在高位池中，最好使用硝化细菌后4-5天内基本不排水或少排水。因为硝化细菌是附着在无机物上，在高位池中采用的中间排污，会排走大量的硝化细菌，特别是刚投放的前几天，硝化细菌的繁殖尚未进入高峰期，这时排污会使硝化细菌的作用不明显。在投放硝化细菌时，如结合颗粒型底质改良剂同时泼洒，使之快速沉于水底而不易被排走，则效果更佳。
5、硝化细菌对pH的适应范围是5-10，但在低于7或高于8.5的水体中其繁殖会受到一定的影响，最适宜范围是7.8-8.2，同时硝化细菌在将氨氮转化为亚硝酸盐进而转变为酸盐的过程，是一个耗氧过程，但其是微需氧，在使用硝化细菌的水体中，溶氧只要不低于2mg/L即可。
