鲟鱼体表覆盖骨板状硬鳞，有的硬鳞上具有锐刺，抗病能力较强，发病率较低。随着鲟鱼人工繁殖和鲟鱼商品鱼养殖业的开展，病害也不同程度地造成经济损失，所以必须引起重视，加以预防，才能使鲟鱼的养殖顺利发展。
鲟鱼病害的致病因素从自然因素方面来说，溶氧和水温起到重要作用。溶氧和水温的剧变对鲟鱼苗种及成鱼养殖严重不利。水体中的氨态氮、硫化氢、硝酸根离子或亚硝酸根离子的含量超标，溶氧、pH值过大过小，水中的有害物质如重金属、氨、氯等物质超过一定量后，轻则影响水体变化，导致病原微生物的滋生，重则直接引起鱼类的发病或易刺激鱼体，产生不良反应。
致病原因从人为因素方面来说，日常管理不当或投喂霉变、污染饲料，放养密度过高都会导致鲟鱼患病，不慎操作容易导致鱼体受伤，造成伤处受细菌和水霉的感染；在鱼种换池或运输过后进行放养，水温变化不应超过3～4℃，如果超过鱼对温度变化的承受能力，也会引起鱼类的发病。
致病因素从鲟鱼的内在因素方面来说，要看其本身对疾病的抵抗能力和体质等情况。营养全面、供应充足，鱼就会体质好，抵抗力也就强，不容易生病。
病害可以分为细菌性、真菌性、寄生虫以及环境因素和生物敌害各类。在苗种期特别要重视消化系统疾病和寄生虫疾病。鲟鱼苗种消化系统疾病发病高峰集中在仔鱼进入稚鱼的敏感期。主要防治措施是在敏感期用药物预防，开口饵料严格消毒，加大换水量，经常吸污排污，保持培育池清洁。鲟鱼养殖过程中对病害应本着以预防为主，防治结合的原则，做好鱼病预防工作，特别要重视做好各方面细节性的、基础性的消毒工作，以减少各种疾病的传入机会和发病率。饲料消毒可以防止活饵例如水丝蚓、鱼虫等带入病菌。养殖工具消毒可以控制病菌的带入和传播。如果对池塘做到专池专用，会更好地控制疾病的发生。相对来讲，鱼种消毒更为重要，可以直接杀死鱼体上的病原生物，减少病菌传播。所以鱼种放养前一定要用3％食盐水消毒，池塘每半个月泼洒生石灰1次，每次用量20千克/亩控制水质，过了苗种期，在养殖过程中就要十分注意养殖环境和投入品的使用，从调控好水质入手，加强投喂等各方面的日常管理，继续严格控制致病因素，使鲟鱼的安全养殖顺利进行。
