亲鱼产卵后，如采用自然产卵的要及时将鱼巢移出进行孵化，孵化可以在水泥池、网箱或原产卵池中进行。用人工授精法获得的受精卵可以采用脱黏孵化，脱黏可用黄泥浆或滑石粉等方法，脱黏后可在孵化缸、孵化槽或孵化环道内孵化。长吻鮠为黏性卵，吸水膨胀得很大，卵径可达2.5～3.0毫米。未受精卵几小时后卵中间浑浊发白，同时失去黏性，水霉大量生长使卵黏连在一起。孵化率的高低与水质、水温、溶氧等关系密切。
1．孵化条件：孵化用水应力求水质清新，含氧充足，无毒，酸碱度适中，无敌害生物。溶解氧量保持在7毫克/升以上，水温在20～28℃之间，最适孵化水温为24～25℃，低于20℃和高于28℃不利于受精卵的孵化，孵化出的鱼苗畸形多、脆弱，当水温超过29℃可导致胚胎畸形或胚胎发育停止和胚胎死亡。pH控制在7～7.5，氨氮在0.03毫克/升以下。水温高低决定孵化时间的长短，当水温为24.5～27.5℃，受精卵孵化50～40小时仔鱼出膜；当水温为22.5～24.5℃，孵化60小时左右仔鱼出膜；水温为17～22℃，需孵化100～80小时仔鱼出膜。孵化时要控制好水温，变化幅度不宜太大，如短期内超过3℃，将导致受精卵胚胎的死亡。
2．胚胎发育：胚胎发育一般指受精卵到仔鱼孵化出膜的整个过程。长吻鮠的成熟卵，呈近圆球形，油灰黄色，直径为2.3～2.4毫米×2.1～2.3毫米，其内部构造可分为卵膜、细胞质和细胞核。细胞质内含有大量的卵黄。卵产出受精后，卵膜迅速吸水膨胀，无色透明，卵周隙明显扩大至0.20～0.25毫米。卵膜具强黏性。受精卵自受精到仔鱼孵出之前均保持半透明状态，未受精卵卵膜也能吸水膨胀和发黏，但逐渐浑浊、发白而死亡。
胚胎发育按形态变化顺序可分为：胚盘期、卵裂期、囊胚期（囊胚早期、囊胚中期、囊胚晚期）、原肠期（原肠早期、原肠中期、原肠晚期）、神经胚期、胚孔封闭期、视泡形成期、听泡形成期、尾芽分离期、肌肉效应期、心脏出现期、心脏搏动期、耳石期、嗅窝期、第一对须原基形成期、视杯形成期、晶体形成期、第二对须原基形成期和出膜等19期。孵化出膜的仔鱼长5.3～6.4毫米。长吻鮠胚胎发育的敏感期为原肠期和脱膜前期。水温25～26℃，受精卵经45小时孵化出膜。
3．仔鱼暂养：刚孵化出的仔鱼全身透明，腹部可见淡黄色的卵黄囊，只能静卧于水底，尾部不停地颤动，3天后开始平游，背部变黑，体侧有黑条纹。平游2天后开口吃食，此时可用熟蛋黄浆或轮虫作仔鱼的开口饵料。一般7天左右作为水花鱼苗出售或下池培育。仔鱼暂养期间要保持水体交换、水质清新、水温稳定；要排污、遮光和防止缺氧。
