检查和诊断鱼病是治疗鱼病首要步骤。只有先确定鱼患的是哪一种病，再进行治疗，才能对症下药，取得良好的治疗效果。因此，鱼病的正确诊断是鱼病防治工作的一个关键环节。
一、现场调查
调查发病的环境，包括周围环境的池内环境。前者是水源水质情况是否有污染和有毒物质，后者是池塘水体环境。了解池塘是新池还是养殖多年的老池。如池塘有多年的养殖时间，要查询近两年内的养殖情况和殖病发生情况。
掌握鱼病发生的规律。不同的养殖品种、养殖环境、养殖阶段、发病的规律都不同。特别要注意鱼病的发生与养殖的密切关系。
二、了解池塘水质状况
水的酸碱度、溶解氧、氨氮、亚硝酸盐、硫化氢和水的肥瘦变化是造成鱼病发生的主要原因，所以对酸碱度、溶解氧、氨氮、亚硝酸盐、硫化氢必须进行检测。
三、了解饲养管理情况
1、了解池塘管理：包括清淤、池塘修整、药物清塘以及用药情况。
2、了解苗种的来源和鱼种来源不一致，规格和体质相差大，不利于饲养管理，易发生疾病流行。
3、了解放养密度和品种搭配以及投饵情况，一般密度过高，水源条件差易造成疾病流行，不科学的投饵施肥也易造成病毒害流行。
四、鱼体检查诊断
1、目检即肉眼检测，一般检测体表、鳃、内脏三个部分。
（1）体表：将病鱼放在干净的解剖盘中，对鱼的头、眼睛、鳞片、鳍条等仔细检查观察，可以发现大型病原体，如线虫、鲺、钩介幼虫、水霉、细菌性赤皮、白皮病、打印、疖疮病等。
（2）鳃：鳃部以鳃丝为重点，把一边的鳃盖剪去，观察鳃片的颜色是否正常，粘液是否增多，鳃丝末端是否有肿大和腐败现象。
（3）内脏：把一边的腹壁剪掉，先观察是否有腹水和肉眼可见寄生虫，如鱼怪、线虫、粘孢子虫孢囊、舌状绦虫等。再仔细观察各个内脏的外表是否正常，随后用剪刀取出内脏，把肝、胆、鳔等各器官分开后，剪开肠道，观察是否病变。
2、镜检：镜检是根据目检时所确定下来的病变部位，作进一步检查。常见的鱼病只需镜检体表、鳃、肠道、眼脑等部位即可。
（1）体表：用解剖刀在体表病变部位刮下一点组织与粘液置于载玻片上，加上一滴蒸馏水，置于显微镜下观察，一般每个部位至少体检查三个不同点的组织，在体表常见的种类有车轮虫、斜管虫、鱼波豆虫、钩介幼虫、粘孢子虫等。
（2）鳃：用镊子取一小部分鳃丝与粘液放在载玻片上，镜检能发现指环虫、三代虫、车轮虫、隐鞭虫、粘孢子虫等。
（3）肠道：用镊子取一点带有毛细虫、艾美虫、粘孢子虫等，进行镜检。
（4）眼：将整个眼球水晶体压在载波上镜检，如果见到双穴吸虫囊幼虫则为双吸虫病。
（5）脑：如果鱼患有疯狂病，可将病鱼脑打开，仔细观察在脑旁拟淋巴液处是否有白色的粘孢子孢囊，用镊子将此孢囊取出，放在载玻片上压碎，在镜检时可以见到许多孢子。
