动物的肠道生态系统包括非常复杂和动态的微生物生态系统，从营养学、生理学和病理学的角度来看，都是非常重要的。鱼肠道微生物群中，细菌(需氧、兼性厌氧和专性厌氧)是主要的定殖微生物，常见的有弧菌、气单胞菌、黄杆菌、假单胞菌、肠杆菌、微球菌、不动杆菌、梭状芽孢杆菌、镰刀菌和类杆菌等等，可能会因物种和环境条件的不同而不同。
肠道微生物在鱼类生长过程中起着非常重要的作用，其平衡状态关系到鱼类机体的健康。正常的肠道微生物菌群对鱼体有如下作用：
1.营养功能
健康鱼类的肠道微生物可以分泌多种消化酶，如蛋白酶，磷酸酶，脂肪酶，淀粉酶，纤维素酶等。这些消化酶能够作为鱼类肠道内消化酶的一个重要来源，帮助鱼类更好地消化吸收某些营养物质。还有研究表明，鱼类肠道中的微生物可以合成多种维生素，其中关于维生素B12的报道比较多见。在鱼类的肠道中，合成维生素B12的主要为厌氧微生物。另外，研究发现肠道微生物还能产生脂肪酸供鱼体利用，有助于鱼类对营养物质的消化吸收。
2.免疫调节
肠道中的免疫系统，即肠相关淋巴组织，主要包括淋巴细胞，浆细胞，嗜酸性粒细胞以及其他几种粒细胞。研究表明，鱼类肠道内的微生物与鱼类肠道上皮细胞的增殖，成熟以及免疫功能相关。对斑马鱼肠道微生物的研究中发现，肠道中某些微生物的一些功能物质可以刺激肠道上皮细胞增殖，促进营养物质代谢，刺激斑马鱼自身免疫系统的应答反应。实验结果显示，在虹鳟的饲料中添加不同处理方式的乳酸菌，活的乳酸菌比热致死的乳酸菌能更好诱导巨噬细胞的吞噬活性和补体功能，并且使血浆免疫球蛋白水平呈现增加趋势。
3.抑制病原菌
鱼类肠道内种类繁多的微生物在抑制病原微生物方面起到了非常重要的作用，可保护宿主鱼类免受病原微生物的侵害。有些种类的细菌具有广谱性的抑制作用，可以抑制多种病原微生物。肉杆菌属的细菌在鲑鱼的肠道中比较常见，它能够抑制嗜水气单胞菌，杀鲑气单胞菌，嗜鳍黄杆菌，米氏链球菌等细菌。
近些年来，鱼类肠道微生物的调控问题备受关注。许多研究表明，益生素在饲料或者水体中的添加，能够提高鱼类的生产性能，饲料利用率和免疫能力。
近年来，由于分子生物学技术在研究中的应用，鱼类肠道微生物菌群的功能得到深入地研究，一些之前未被发现的微生物菌群也相继被发现。更多的了解鱼类肠道微生物更为详细的组成与作用机理，能够对鱼类肠道微生物进行更好的调控和管理，对鱼类的健康起到积极的作用。
参考资料
SukantaKNayak.Roleofgastrointestinalmicrobiotainfish.AquacultureResearch,2010,41,1553-1573.
