发现有鸭子疑似鸭感染沙门氏菌，先要对其进行诊断，确诊后若实为此病，应及时对病鸭进行隔离治疗。对无治疗价值的鸭子，或病死鸭应进行无害化处理。另外，在此同时，还应注意做好预防，避免疫情蔓延。
1、对病鸭进行确诊
(1)鸭沙门氏菌病的诊断可依据本病的流行特点，2周龄感染雏鸭死亡率较高;临床症状如雏鸭拉稀，肛门周围有粪便沾污;病理变化，肝脏表面有针尖大小的坏死点，盲肠膨大，内有灰白色液体或干酪样肠栓等，一般可在现场做出初步诊断，而确诊则需要实验室检查，分离、鉴定细菌。
(2)采取病鸭心包和肝脏病料进行细菌学分离培养，涂片，革兰氏染色镜检，可见两端稍圆、革兰氏阴性的细小杆菌。药敏试验发现，该细菌对左旋氧氟沙星高度敏感，对恩诺沙星中度敏感，对盐酸环丙沙星、红霉素低度敏感。根据发病情况、临床症状、剖检病变、细菌学检查和药敏试验结果，确诊为雏鸭沙门氏菌感染。
(3)类症鉴别。应将本病与鸭疫里氏杆菌病、鸭大肠杆菌病、鸭病毒性肝炎、鸭霍乱、鸭链球菌病等进行鉴别。
2、及时隔离治疗病鸭
(1)严格实施一般性的卫生消毒和隔离检疫措施。
(2)目前雏鸭发病后投喂敏感的抗生素是一个积极的治疗措施，这些药物包括：氟苯尼考、丁胺卡那霉素、新霉素、粘杆菌素及头孢菌素类药物等。
3、病死鸭处理
(1)淘汰鸭群中病情特别严重且腹部膨大者，集中深埋。
(2)为了防止本病从畜禽传染给人，病畜禽应严格执行无害化处理。
(3)加强屠宰检验，特别是急宰病畜禽的检验和处理。
(4)饲养员、兽医、屠宰人员以及其他经常与畜禽及其产品接触的人员，应注意卫生消毒工作。
