从综合养鱼模式的生产结构及其功能两方面分析，都还没有达到生态渔业的高水平，因为生态渔业是要用生态学的观点指导和发展渔业生产。
先从结构上分析，有些综合养鱼模式尚未形成良性循环圈。比过古老的鱼—猪生产结构中，仅仅是利用猪粪养鱼，其中有两个问题有待解决:一是猪饲料要外购；二是养鱼废弃物—淤泥尚未得到利用。显然，还没形成物质的良性循环结构。在鱼—猪模式里增加一个饲料作物生产环节，组合成猪—草—鱼生产结构模式，上述存在的两个问题都解决了。形成淤泥种植饲料；饲料用于养猪；猪粪养鱼的物质循环圈。不过，这还只是生态渔业要求的一个方面，那就是定量问题。也就是确立猪—草—鱼三者之间物质能量流的稳定平衡关系。那就意味着在这个生产模式中，只有源源不断地利用和积蓄太阳能，鱼和猪产品的输出，而没有任何废弃物的产生和积累，这样才能算名符其实的生态渔业模式。所以综合养鱼不能说成是生态渔业。
显然，生态渔业是要在综合养鱼基础上，探寻物质能量流的最佳轨迹，更加充分地提高太阳能的转化率、生物能利用率以及综合养鱼发展过程中各种废弃物的再循环率，保证养鱼环境的洁净，维护渔区自然生态平衡，建立更加合理的生态渔业结构，以实现渔业生产力的再提高。
