蓝鳃太阳鱼主要疾病有车轮虫病、舌杯虫病、烂鳃病。
1、车轮虫病
车轮虫病由车轮虫寄生于皮肤或鳃部引起，镜检鳍部可看到虫体布满整个鳍部。症状：鱼体呈黑色，身体瘦弱、食欲减退、呼吸困难、离群独游，行动缓慢。
治疗方法：硫酸铜和硫酸亚铁合剂（比例5：2），用量0.7毫克/升。溶解后全池均匀泼洒。单用硫酸铜每立方水用0.7克亦可，疗效很好。2％食盐溶液浸洗15分钟以上，或3％浸洗5分钟以上。
2、舌杯虫病
舌杯虫病是由鱼体受伤寄生于皮肤而引起。镜检伤口可发现舌杯虫。症状：病鱼鳞片松散，皮肤充血腐烂，鱼体消瘦，离群独游，不进食物。
治疗方法：同车轮虫病。
3、烂鳃病
症状：肉眼检查鳃丝发白腐烂，带有污泥，鳃盖骨的内表皮充血，严重时中间部分的表皮亦常被腐蚀成一个圆形或不规则的透明小窗。行动缓慢，体色暗黑，头部颜色特别暗黑。
治疗方法：漂白粉用量1毫克/升，溶解后全池泼洒。
